Su padre, Garba Abubakar, era un comerciante perteneciente al pueblo fulani, y su madre era Aisha Kande.

Comenzó su educación a los ocho años en la Escuela Primaria de Jada.

[10]​[11]​ Alrededor del final de su carrera en la aduana, conoció a Shehu Musa Yar'Adua, quien había sido la segunda persona al mando durante el gobierno militar que ostentó el poder entre 1976 y 1979.

[10]​ En 1989, Abubakar fue elegido vicepresidente del Frente Popular de Nigeria, una asociación política liderada por Yar'Ardua.

Ganó un escaño para representar a su distrito electoral en la Asamblea Constituyente de 1989, creada para elegir una nueva Constitución para Nigeria.

Finalmente, el gobierno negó el registro del Frente Popular, y la asociación se fusionó con el Partido Socialdemócrata de Nigeria.

[10]​ Se postuló para la candidatura presidencia del Partido Socialdemócrata en 1992, quedando en tercer lugar y renunciando en favor de Moshood Abiola, quien ganó las elecciones presidenciales anuladas de 1993.

[12]​[13]​ Se incorporó al Partido Democrático Popular (PDP), que cofundó en 1998 junto con Olusegun Obasanjo.

[22]​ Abubakar se dirigió a los tribunales el 16 de marzo para anular su descalificación.

La Corte Suprema dictaminó por unanimidad el 16 de abril que el INEC no tenía el poder para descalificar candidatos.

[24]​ Abubakar rechazó los resultados y solicitó su anulación, describiéndolas como las «peores elecciones en la historia» de Nigeria.

[25]​ En 2009 Abubakar se volvió a incorporar al Partido Democrático Popular.

[33]​ Abubakar anunció su salida del Congreso de Todos los Progresistas y regresó al Partido Democrático Popular.

[40]​ Abubakar apeló los resultados ante la Corte Suprema y describió las elecciones como las «peores en la historia democrática de Nigeria».

[43]​ Atiku se unió a otros candidatos de oposición para exigir una nueva votación.