Vilna está llena de iglesias con una historia turbulenta e interesante.

A la muerte de Wasilko en 1398 fue sucedido por un franciscano, Jakub Plichta (1398-1407), durante cuyo episcopado la catedral en Vilna fue destruida por el fuego.

Con Jan Łosowicz (1467-1481) muchos rutenos fueron convertidos al catolicismo y los franciscanos bernardinos se asentaron en Vilna.

Albert Tabor, lituano, invitó a los dominicos a Vilna y les confió la iglesia del Espíritu Santo; Albert Radziwiłł (1508-1519) murió en olor de santidad; Juan de Lituania (1519-1537) fue sucedido por el príncipe Paweł Holszański (1534-1555), restauró la catedral de estilo gótico; Walerian Protasewicz Suszkowski (1556-1580) tuvo que luchar por la ley del celibato eclesiástico y el uso del latín como lengua litúrgica; presentó a los jesuitas en Vilna, incluido Piotr Skarga.

El capítulo en consecuencia confió al obispo auxiliar, Cipriano, la administración de la diócesis.

A su muerte en 1594 ocurrió la división del clero en facciones por la elección del sucesor, hasta que el rey Segismundo III nombró a Benedykt Wojna (1600-1615), quien se comprometió efectivamente con la canonización del rey Casimiro, en cuyo honor se colocó la primera piedra de una iglesia en Vilna en 1604.

Sus esfuerzos por tener a san Casimiro como santo patrón de Lituania tuvieron éxito.

El príncipe Ignacy Jakub Massalski (1762-1794) promovió la reforma del clero y devolvió su inmenso patrimonio a las iglesias de la diócesis.

La diócesis de Inflanty se fusionó con Vilna y Jan Nepomucen Kossakowski (1798-1808) fue nombrado obispo.

En 1848 fue sucedido por Wacław Zylinski, quien fue transferido a la sede metropolitana de Maguilov en 1856, pero continuó gobernando la diócesis hasta 1858.

En 1889, Antanas Pranciškus Audzevičius, canónigo de San Petersburgo y teólogo erudito, fue elegido obispo.

Murió en 1895; la diócesis estaba entonces gobernada por Louis Zdanowicz, obispo titular de Dionysias.

En 1897 fue sucedido por el canónigo Steponas Aleksandras Žvėravičius, que fue trasladado en 1902 a la diócesis de Sandomierz.

El barón Eduard von der Ropp ocupó su lugar y se dedicó a organizar el movimiento católico en la diócesis, provocando la hostilidad del Gobierno ruso por ello.

Monseñor Ropp fue exiliado a Pskov y la diócesis fue gobernada por Kazimieras Mikalojus Michalkevičius como administrador apostólico.

Durante los años de la ocupación soviética los católicos sufrieron la feroz persecución del poder estatal.