La arquidiócesis tiene como sufragáneas a las diócesis de: Ensenada, La Paz en Baja California Sur y Mexicali.

El Gobierno mexicano se opuso a que la California mexicana fuera gobernada por un obispo extranjero e impidió al obispo José Sadoc Alemany y Conill ejercer su jurisdicción sobre Baja California.

[6]​[5]​ Le sucedió el carmelita Ramón María de San José Moreno y Castañeda, obispo titular de Eumenia, quien sufrió varias persecuciones por parte de las autoridades civiles: fue encarcelado dos veces, sufrió tres atentados contra su vida y finalmente fue expulsado del país.

[10]​ Cuando el franciscano Buenaventura del Purísimo Corazón de María Portillo y Tejeda, obispo titular de Tricca y sucesor de Ramón María de San José Moreno y Castañeda, fue trasladado a Chilapa, la Santa Sede ya no nombró vicarios apostólicos para Baja California, cuya sede permaneció vacante durante casi 40 años.

Salvo el breve interludio entre 1921 y 1922, durante el cual el vicariato apostólico estuvo gobernado por Silvino Ramírez y Cuera, obispo titular de Verinópolis, la sede permaneció sin dirección hasta 1948, año en que fue nombrado Alfredo Galindo Mendoza.

Con la llegada de los Misioneros del Espíritu Santo en 1939, el vicariato apostólico experimentó una nueva juventud.

El superior de los Misioneros del Espíritu Santo, Felipe Torres Hurtado, trasladó la sede del vicariato apostólico de La Paz a Ensenada y luego, en 1944, a Tijuana.

Nuevas congregaciones religiosas, especialmente femeninas, abrieron sus casas en la península californiana, contribuyendo enormemente a la evangelización del vicariato apostólico.

[14]​ El 13 de junio de 1963 el vicariato apostólico fue elevado a diócesis con la bula Pro apostolico munere del papa Pablo VI.