Por esta razón el gobernador Miguel Mario Campero (1935-1939), dictó un decreto por el cual creaba una comisión ad-hoc, denominada Junta Conservadora de cinco miembros, para que se encargase de dirigir el Archivo Histórico, que siguió compartiendo las instalaciones del Archivo General.
[3] En 1996, durante la gobernación de Antonio Domingo Bussi (interventor militar durante la última dictadura, entre los años 1976 y 1978, procesado por delitos de lesa humanidad), el Archivo Histórico fue unido nuevamente al Archivo General.
Cuatro años más tarde, bajo la gobernación de Julio Miranda, los archivos fueron separados administrativa y físicamente.
Los fondos se dividen en: gobierno, hacienda, judicial, protocolo, cabildo, archivo legislatura y complementarias.
Para tal fin, el archivo posee un pequeño manual hecho por su propio personal que permite agilizar el reconocimiento de algunas letras o abreviaturas usadas en la época.
La Biblioteca y Hemeroteca del Archivo Histórico está dividida en dos partes: una parte, de consulta más frecuente, se encuentra en la planta baja del edificio y cuenta con unos 500 ejemplares.
La otra parte de la biblioteca se encuentra en el primer piso, junto a la hemeroteca, y alberga otros 3.000 ejemplares, entre los cuales sobresale un Diccionario Larousse del siglo XIX y la colección donada por Manuel Lizondo Borda.
La hemeroteca también cuenta con pequeños tesoros documentales de los siglos XIX y XX, como sus colecciones de la revista gráfica francesa de divulgación científica L’illustration y su suplemento La Petite illustration, las revistas Je sais tout, Le rire, The illustrated London news, The illustrated war news, Illustrirte Zeitung, La ilustración sudamericana, Revista de Occidente o la revista Nosotros, entre muchas otras colecciones.