En 1957 ingresa en el Seminario de Moncada, y es ordenado sacerdote en 1963, notándose desde un comienzo su vocación social.

Comienza a inculcar a sus feligreses la necesidad de educarse, les habla sobre humanismo y sobre justicia y libertad, sin entrar en política, tema difícil debido al régimen de Franco.

En los veranos además se impartían cursos y dictaban conferencias apoyados por estudiantes universitarios traídos de Valencia.

Estas actividades académicas las repite todos los años, hasta que en 1967 el Obispo de Valencia destina a Llidó al Hospital Militar de la Marina, lo que significa un gran golpe para Llidó, aunque se le permite nombrar su sucesor en las parroquias.

Es encarcelado por "faltas" a la disciplina (confraternizar con la tropa), y fue licenciado luego de 10 meses, sin terminar su servicio completo.

Encuentra un grado de miseria que no conocía en España, sobre todo en las zonas rurales y suburbanas.

Durante los veranos realiza campamentos para niños en Manzanar, sector rural al interior de Quillota.

La vida pública chilena tiene una riqueza que no conocía en España, con partidos políticos, debates, libertad de expresión, entre otros.

Recibe repetidamente por parte del obispo la orden de volver a España, pues considera inapropiados su actos políticos.

Su arresto está relacionado con la detención de varios militantes miristas, entre ellos Ariel Salinas Argomedo, quien se encuentra también desaparecido.

Según el convencimiento de la comisión Rettig, Llidó fue entonces asesinado por agentes del Estado, y su cadáver fue hecho desaparecer.

De los cinco religiosos ejecutados durante la dictadura militar, Antonio Llidó es detenido desaparecido, junto a Miguel Woodward Iribarri enterrado en una fosa común, sin identificar luego de fallecer por heridas debidas a la tortura en Valparaíso.

Condenó a Manuel Contreras, jefe de la DINA en el momento del secuestro, y a Francisco Ferrer Lima, Fernando Lauriani Maturana y Orlando Manzo Durán, todos agentes de inteligencia del Estado, a siete años de cárcel, y ordenó que el Estado chileno cancelara una indemnización de 100 millones de pesos (unos 126.000 euros) por el daño moral a Josefa Llidó Megual, hermana del sacerdote, que fue representada por el abogado Héctor Salazar.

Se absolvió a Maximiliano Ferrer Lima, Fernando Lauriani Maturana y Orlando Manzo Durán, todos por falta de participación.