Al triunfo de Francisco I. Madero se licenció y volvió a su pueblo natal.
Al producirse el rompimiento entre Emiliano Zapata y Francisco I. Madero, Barona reiteró su adhesión al movimiento morelense, estableciéndose en el paraje “El Texcal”, en las cercanías de Tejalpa, donde operó por varios años, primero contra Madero y después de la Decena Trágica, contra Victoriano Huerta.
Por esos años Antonio Barona llegó a ser general de División por riguroso escalafón.
Fue comisionado por Zapata para situarse en Milpa Alta y colaborar con las fuerzas del General Everardo González logrando replegar a las tropas huertistas hasta la Ciudad de México.
Los soldados de De la O, fueron informados de dónde estaba Barona y salieron a perseguirlo rodeando el billar, se encontraba en un restaurante comiendo pozole, por lo que comenzó el tiroteo en donde inmediatamente le dispararon, dejándolo herido, así se lo sacaron del restaurante y lo arrastraron por la calle dando tumbos hasta dejarlo muerto.