Volvió al Instituto de Estudios Avanzados, cuyo director en ese momento era el historiador austriaco-americano Ernst Florian Winter.

Después se fue a Alemania para dar clases en Essen y Berlín durante dos años.

[3]​ Ocupó este cargo hasta su traslado a la Universidad Centroeuropea de Budapest.

OCLC Classify[7]​ sugiere que sus obras más difundidas tratan de Prejuicio (Manual del prejuicio), Austria global (Austria global : el lugar de Austria en Europa y en el mundo), Austria : fuera de la sombra del pasado, investigación sobre la paz (Friedensforschung, Konfliktforschung, Demokratieforschung ein Handbuch), Socialdemocracia (Los partidos socialdemócratas en Europa), el fenómeno Haider en Austria, el desafío del conflicto étnico, la democracia y la autodeterminación en Europa Central, la memoria histórica austriaca y la identidad nacional, y La democracia en la India (Democracy Indian style : Subhas Chandra Bose and the creation of India's political culture).

Es un destacado experto internacional en temas como el extremismo de derecha y la xenofobia en la sociedad.

[8]​ Pelinka tiene varias publicaciones que tratan temas de interés, especialmente el sistema político austriaco.