La ermita tiene modestas dimensiones con dos cuerpos de diferentes épocas, pareciendo ser el más antiguo el que cobija la cúpula de la cabecera.
La zona del presbiterio (cabecera) es la que aparenta mayor antigüedad: su forma es cuadrada, más alta que la nave, y se cubre con una cúpula semiesférica sobre pechinas, que son las encargadas de transmitir el peso de la cúpula a los pilares o muros mediante arcos o cúpulas semiesféricas.
La ciudad de Mérida tenía cuatro puertas.
A finales del siglo XVI, cuando comienza la consolidación de la ciudad, Mérida tenía dos parroquias, un hospital, ocho ermitas y algunos conventos.
El edificio se construyó junto al muro de los pies de la Iglesia de Santa Eulalia y adosado a ella por lo que se tapió la «Puerta de los Perdones» y ambos edificios se comunicaban a través del coro alto de manera que las freylas pudieran asistir a los oficios religiosos.