El conjunto arquitectónico del Hospital se organiza en torno a un patio cuadrangular irregular con galerías perimetrales.

Ejecutada por el cantero lucentino Lorenzo Vicente del Pino Ascanio, tiene dos cuerpos.

Este cuerpo se corona con un frontón partido destinado a la ostentación del emblema de la Orden hospitalaria.

La iglesia es de una sola nave dividida en tres tramos, crucero y coro alto a los pies.

La nave se cubre con bóveda de cañón con lunetos y el crucero con cúpula sobre pechinas.

En las pilastras que marcan la separación del presbiterio cuelga una pareja de ángeles lampadarios.

En el coro se dispone la sillería, en madera de nogal, con trece estalos y sobria decoración reducida a una crestería calada.

Las esculturas que en ellos figuran se han atribuido a Torcuato Ruiz del Peral.

Responden básicamente a una sola traza aunque presentan algunas variantes en la resolución de la calle central del cuerpo.

Las pinturas se deben, respectivamente, a Sánchez Saravia y Tomás Ferrer.

A la sacristía, ubicada tras el presbiterio, se accede desde el templo a través de las dos pequeñas puertas existentes en la parte baja del retablo mayor y desde la galería baja del claustro por una puerta lateral.

El recinto hospitalario se ordena en torno a un patio trapezoidal con dos plantas, siendo la inferior una galería abierta y presentando la alta cerrada con balcones adintelados, a eje con los arcos de la planta baja.

En el desembarco en la galería alta, hay una triple arquería que apoya en parejas de columnas.

Se cubre con cúpula octogonal en cuyos paños figuran pinturas enmarcadas en molduras.