Se graduó del Instituto mecánico-construcción Kurgan en 1969 y sirvió en las fuerzas armadas de ese mismo año.
Más tarde, asistió a la Academia de Tanques Malinovski graduándose en 1976.
A partir de 2007, se desempeñó como representante del presidente en el Distrito Federal siberiano.
Como jefe del estado mayor ruso tuvo cierto éxito en reformar la estructura del mando para las fuerzas de disuasión estratégica, pero tuvo pleitos con el ministro de defensa Serguéi Ivanov y muchos de sus subordinados.
Anatoli Kvashnín demostró también ser indeciso en el momento, desvinculándose luego de la fusión del distrito militar Volga-Urales, combinando las tropas de misiles estratégicas con las fuerzas espaciales rusas y el Sistema de Alerta temprana, a continuación, se restauró su independencia.