[1] Durante sus primeros años, disputó campeonatos en Vizcaya hasta que en la temporada 1989/90, siendo presidente Fernando Urkijo, el Amurrio Club debuta en la liga alavesa.
Es en la temporada 1991/1992 cuando se hace una fuerte apuesta en el club para lograr auparlo a las categorías nacionales del fútbol, consiguiendo ese año de 1992 quedar campeones de Regional Preferente y su ascenso directo a Tercera División.
Dos temporadas más tarde, en la 1993/1994, queda primero de su grupo y logra un histórico ascenso a la Segunda División B, siendo presidente Jesús Remirez de la Piscina y dirigido por Juan María Sañudo.
El mayor éxito en la historia del club ayalés se consigue en la temporada 2000/2001, tras quedar clasificados en cuarto lugar, se disputa la fase de ascenso a Segunda División, quedando encuadrados en un grupo con: Zamora CF, Cádiz Club de Fútbol y Gimnastic de Tarragona (ganando 1 partido, empatando 3 y perdiendo 2, se quedó en tercera posición).
Ese mismo año, el Amurrio fue galardonado con el Premio a la Deportividad de toda la Segunda División B, compuesta por 80 equipos.
[2] La temporada siguiente no puede evitarse el descenso y el conjunto ayalés baja a Tercera división.
Además en el año 2015 el conjunto amurriotarra recibió, junto con otros 9 equipos amateur de Álava (C.D.
La campaña 2022/23 sería la peor de Amurrio Club en los últimos 30 años, terminando séptimos con 50 puntos.