Actualmente su primer equipo juega en la Tercera División, siendo el paso intermedio entre el Juvenil A y el Deportivo Alavés "B".

Muchos colocan merecidamente a este club entre los 3 o 4 más destacados de Álava por detrás del Deportivo Alavés, C.D.

[1]​ Como legalmente no está permitido que un club ceda a otro su plaza, a efectos legales el club que iba a jugar en Tercera División la temporada 2003-04 seguiría siendo el Alavés C, pero jugando en el campo del San Ignacio, apoyándose en la estructura del San Ignacio e incluso uniformándose con los colores del San Ignacio.

Tras descender a Regional Preferente el acuerdo entre Alavés y San Ignacio se disolvió, volviendo a competir el San Ignacio de forma autónoma (nunca dejó de ser club independiente).

Al finalizar la campaña 2006-07 en 20.ª posición, el San Ignacio descendió de nuevo a Regional Preferente.

Además en el año 2015 el conjunto colegial recibió, junto con otros 9 equipos amateur de Álava (C.D.

Nota: Las temporadas indicadas con * se refieren a las que jugó como Alavés C-San Ignacio.

Para la temporada 2011-12 el club colegial pone en marcha un filial en la Primera Regional de Álava para dar salida a los jugadores juveniles que terminaban dicha etapa.