Otros efectos secundarios incluyen la parálisis, que puede llevar a la incapacidad para respirar.

Está en concentraciones bajas en el líquido cefalorraquídeo, excepto cuando se administra de manera intraventricular.

[3]​[12]​ Los factores que causan la excreción de amikacina por vía urinaria incluyen su relativamente bajo peso molecular, alta solubilidad en agua y por no ser metabolizada.

[14]​ También interfiere con la región que interacciona con el par base inestable del anticodón de ARNt .

[17]​[18]​ Así, la amikacina tiene sólo uno sitio donde estas enzimas pueden atacar, mientras que los aminoglucósidos gentamicina y tobramicina tienen seis.

[21]​ Aunque los betalactámicos pueden inactivar la amikacina, pero no tanto como otros aminoglucósidos, se les usa a menudo con penicilinas (un tipo de betalactámico) para crear un efecto aditivo contra ciertas bacterias, y con carbapenemas, con que se puede tener un efecto sinérgico contra algunas bacterias grampositivas.

[11]​ Las únicas bacterias grampositivas contra las que se puede usar la amikacina son Staphylococcus y Nocardia.

[23]​ También se suele usar para tratar infecciones mycobacteriales tanto las que no son tuberculosis como las que son tuberculosis causado por cepas susceptibles cuándo los fármacos de primera línea han fallado.

[31]​ La amikacina causa nefrotoxicidad por actuar en los túbulos renales proximales, ioniza a un catión fácilmente y se adhiere a los sitios aniónicos de las células epiteliales en el túbulo proximal como parte de pinocitosis mediado por receptores.

La concentración de amikacina en la corteza renal se hace diez veces más que su concentración en el plasma;[13]​ entonces, probablemente interfiere con el metabolismo de fosfolípidos en los lisosomas, el cual causa enzimas líticos para filtrar al citoplasma.

En inyecciones intravítreos (dónde se inyecta la amikacina en el ojo), el infarto macular puede causar pérdida de visión permanente.

[3]​ En general, no se debe usar amikacina con otro fármaco que puede causar neurotoxicidad, ototoxicidad o nefrotoxicidad.

[3]​ Se tiene que usar una dosis más baja de amikacina en los ancianos, que a menudo tienen problemas renales a causa de la edad, y los niños, cuyos riñones todavía no están desarrollados completamente.

[11]​ Una mujer embarazada que toma amikacina con otro aminoglucósidos puede causar sordera congénita en su niño.

[11]​ En personas con una infección del sistema nervioso central—como meningitis—la amikacina puede ser dada por inyección directa en la espina o en los ventrículos cerebrales.

[1]​[35]​[36]​ Se usa a menudo para infecciones respiratorias en serpientes, enfermedades bacterianas de concha en tortugas y sinusitis en guaras.

Es generalmente contraindicada en conejos y liebres (aunque todavía se utiliza) porque hace daño al equilibrio de la flora intestinal.

[38]​ En caballos, la amikacina es aprobado por el FDA para infecciones del útero—como endometriosis y piometra—de bacterias susceptibles.

[34]​[40]​ También se puede inyectar la amikacina en las articulaciones con la medicación antiartrítica Adequan para impedir la infección.

[41]​ Los efectos secundarios en animales incluyen la nefrotoxicidad, ototoxicidad y reacciones alérgicas en los sitios de inyección intramuscular.

Los efectos menos frecuentes incluyen el bloqueo neuromuscular, el edema de rostro y neuropatía periférica.