El actual territorio del departamento de Amazonas, perteneciente a lo que Federico Kauffmann Doig (2003) denomina Andes Amazónicos Septentrionales, presenta testimonios importantes de actividad cultural preagrícola, cuya antigüedad y exacta identificación están siendo debatidas por los investigadores.
Entre Bagua y la zona selvática de Jaén (Cajamarca) vivieron los temidos bracamoros o pacamoros, que según los cronistas opusieron tenaz resistencia a la conquista incaica.
Llegado el momento del enfrentamiento, los bracamoros recurrieron a una curiosa estrategia, como sigue contando Cieza de León:
Y agrega que después de su anexión al imperio incaico adoptaron las costumbres impuestas por los cusqueños.
Debió alcanzar su fase de florecimiento a partir del siglo XI y se prolongó hasta la llegada de los españoles al Perú, aunque hacia 1470 su independencia política quedó afectada por la conquista incaica (ver Expansión del Imperio Inca).
Los muros que la sostienen, levantados con piedras uniformes y careadas, se elevan hasta por 19 metros.
Este último es un sepulcro unipersonal que reproduce el contorno de la figura humana.
Los más importantes restos sepulcrales están localizados en el departamento de San Martín.
Los chachapoyas fueron también eximios tejedores, como lo demuestran los hallazgos realizados en la margen derecha del Pisuncho, en Carajía, en la Laguna de las Momias y en otros lugares.
En todo caso, este sería el único patrón procedente de la Amazonía ya que, en lo fundamental, los chachapoyas se enraízan en la tradición cultural andina.
Por el territorio chachapoyas aparece, igualmente disperso, un tipo de cerámica negra bien alisada, afiliada, al parecer, a la alfarería chimú.
Arutro Ruiz Estrada (1972) elaboró una seriación de la cerámica chachapoyas basada en un muestrario que reunió en Cuélap.
Pero los chachas "maltrataron a los mensajeros [...] y los amenazaron de muerte" El Sapa Inca ordenó entonces atacarlos.
Al penetrar en los Andes amazónicos, los incas no solo se toparon con gente de tradición andina como lo eran los chachapoyas, nación que fue incorporada al incario en la segunda mitad del siglo XV y luego de prolongados intentos bélicos.
Hubo además importantes etnias de tradición amazónica contra las cuales las tropas incas debieron enfrentarse ya sea desplazándolas, ya absorbiéndolas o aniquilándolas, de acuerdo con las escenas pintadas sobre keros o vasos ceremoniales elaborados en madera.