[2]​ Alonso de Aragón destacó más en el plano político que en el eclesiástico, puesto que su carrera religiosa no era más que la continuidad de que la Iglesia aragonesa estuviera regida por algún miembro de la casa real.

Así a la muerte del arzobispo de Zaragoza, Juan de Aragón, hijo ilegítimo del rey Juan II, este propuso que su nieto de cinco años le sucediera, pero debido a su corta edad y por la oposición de la Santa Sede a la política de control de la Iglesia aragonesa de ese rey, el papa Sixto IV, designó al valenciano Ausias Despuig.

Sin embargo, las presiones continuaron y, tras la renuncia de Despuig, el papa confirmó a Alonso como arzobispo tres años después, en 1478.

Hecho lo cual, confirmó a Alonso como lugarteniente general hasta su muerte.

Alonso como arzobispo de Zaragoza realizó importantes obras en la Catedral de Zaragoza (La Seo del Salvador), donde reposan sus restos.