El filme pretende ser una continuación del argumento del videojuego Alone in the Dark: The New Nightmare, aunque existen contradicciones entre ambos.

Cuando Edward era niño podía sentir fuerzas sobrenaturales, la débil frontera entre el mundo real y el imaginario, y pronto descubrió que otro mundo existía.

Veinte años más tarde, Edward Carnby se dedica a la investigación de sucesos paranormales.

Cuando diecinueve personas desaparecen en extrañas circunstancias, reclaman sus servicios y Carnby descubre que todas tienen un nexo en común que él también comparte: crecieron en el mismo orfanato.

Ante el peligro que se avecina, acude a su amiga antropóloga Alice Cedrac en busca de ayuda para luchar contra las fuerzas sobrenaturales que amenazan la existencia humana.