Regresó a Berkeley pero tenía tan poco interés en la química que sus calificaciones eran demasiado bajas para evitar ser reclutado en el ejército de los Estados Unidos.
Allí colaboró con otro geofísico, Richard Doell, sobre el magnetismo de las rocas.
Ambos estaban interesados en las reversiones geomagnéticas, sobre las que, en ese momento, se tenía poco conocimiento.
Cox y Doell acordaron que el Servicio Geológico (USGS) contratara a Brent Dalrymple, un graduado de Berkeley con experiencia en este método.
Ese trabajo hizo posible la primera prueba, realizada por Frederick Vine y Drummond Matthews, de la hipótesis de la expansión del lecho marino.
[4] En 1969, la Unión Americana de Geofísica le otorgó la medalla John Adam Fleming por sus investigaciones en geomagnetismo.
Después de su muerte, se crearon varios monumentos en su memoria.