Entre 1149 y 1151, Ramón Berenguer IV realizó la donación de estas tierras a los hospitalarios.

En 1568 el papa Pío V intentó modificar esta costumbre e instaurar la plena clausura pero no tuvo éxito y las religiosas continuaron residiendo fuera del convento.

Durante la Guerra de los Segadores la comunidad se trasladó el Palacio Episcopal de Lérida y no regresaron a Alguaire hasta 1653, encontrando el edificio en muy mal estado.

En su interior se encuentran unos murales, datados en el siglo XVI, en los que se relata un enfrentamiento entre las religiosas del convento y el condado de Urgel por el pago de unos tributos.

Según la leyenda, el conde Ermengol X de Urgel quedó ciego en el momento de atacar el convento y sólo recuperó la visión al retirar el ataque.

Está construido en piedra y consta de una nave con dos capillas laterales.

En 1996 la imagen quedó partida por la mitad debido a la caída de un rayo.