En la Semana Santa de 1979, tras entrar con los sandinistas en Estelí y ser estos derrotados, fue capturado por la Guardia Nacional del dictador Anastasio Somoza.

Las imágenes aparecieron en multitud de periódicos del mundo, fueron primera página de diarios españoles como El País, Diario 16 y Pueblo, y facilitaron que tres días después, tras ser interrogado en El Chipote e ingresado en los calabozos de la Policía somocista, en Managua, fuera entregado al embajador español Gustavo de Arístegui, quien facilitó su extradición a Guatemala y posterior envío a España.

De todas las coberturas realizadas entre 1989 y las Navidades de 2004-05, en que dejó el rotativo por discrepancias personales con Pedrojota Ramírez y tras cerrar un acuerdo económico con Antonio Fernández Galiano, destacaron el derrumbamiento del bloque soviético, el fin de la URSS, la caída del Muro de Berlín, Sudáfrica, Afganistán, Líbano y -sobre todo- las dos guerras del Golfo.

Fue en esa etapa cuando diarios como los británicos The Guardian y The Observer e italianos como Corriere della Sera, comenzaron a publicar sus notas de forma regular, casi siempre bajo el epígrafe ‘Testigo Directo’.

A finales de 2004, rota su relación personal con Pedrojota Ramírez, se integró como director periodístico y CEO en el diario online Periodista Digital.

En 1989 abandonó Diario 16 para formar parte del equipo fundador de El Mundo.

[1]​ En diciembre de 2004 abandona su cargo como adjunto a la dirección del diario El Mundo.

Pese a ser despedido del diario El Mundo en 2004,[6]​ desde 2001 ya disponía de una biografía en el sitio www.periodistadigital.com, y gestionaba contenidos en esa empresa, creada por su hermano David en 2001.

[9]​ En televisión ha sido uno de los tertulianos habituales y más polémicos de La noria (Telecinco, 2007-2012), El gran debate (Telecinco, 2012-2013), Al rojo vivo (La Sexta, hasta 2013), El gato al agua (Intereconomía hasta 2013) con Javier Algarra, El cascabel (13TV, desde 2013), el programa de debate La noche en 24 horas (TVE, desde 2013 hasta 2016), la mesa política de El programa de Ana Rosa (Telecinco, hasta 2014) con su exmujer Ana Rosa Quintana, La Sexta Noche (La Sexta, 2011-2014) con Iñaki López, y La Tarde Con Cristina de Castilla y León Televisión.

[23]​[24]​ No fue la primera vez que la FAPE condenó la labor de Rojo, a quien ya había reprendido por "faltar a la verdad" en varias informaciones publicadas en Periodista Digital.

[30]​ En octubre de 2017 el Tribunal Supremo confirmó la condena y rebajó la indemnización a 6000 euros.

[39]​[38]​ Debido a los polémicos comportamientos del periodista, varios medios de comunicación reaccionaron contra él.

[49]​ En 2015, los comportamiento de Alfonso Rojo causaron indignación y reproches en redes sociales por afirmar en el programa de La Sexta Al Rojo Vivo: "La podemita Tania Sánchez, novia de Pablo Iglesias, se descoca y enseña 'canalillo'", y reconoce él mismo en Twitter.

[56]​ En abril de 2022 fue condenado por el Tribunal Supremo por insultar sistemáticamente al abogado Gonzalo Boye.