En los años siguientes fue sucesivamente gobernador en nombre de los Estados Pontificios de Rimini, Orvieto, Spoleto y Camerino, vicelegado en Bolonia como segundo del cardenal Antonio Barberini, comisario general del ejército pontificio, gobernador de Ascoli, Campania y Marittima.

En el ámbito propiamente religioso combatió las heterodoxias de los quietistas liderados por Giacomo Filippo Casolo y Alberto Alberti y posteriormente la herejía de Giuseppe Francesco Borri, convocó dos sínodos diocesanos y trece congregaciones de vicarios, efectuó una visita pastoral y promovió la nueva edición del breviario y el misal, mostrándose un firme defensor del rito ambrosiano.

En tal condición participó en el cónclave de 1667 en que fue elegido papa Clemente IX y en el que dos años después eligió a Clemente X.

En 1675 presentó la renuncia al arzobispado alegando problemas de salud.

Todavía tomó parte en el cónclave de 1676 en que fue elegido papa Inocencio XI, pero con la salud deteriorada dejó el gobierno de la diócesis.