[3]​ Mientras se encontraba estudiando en Europa, Ferrufino ingresó a militar políticamente en el partido del Movimiento de Izquierda Revolucionaria (MIR).

[4]​ En 1989, Ferrufino decide ir a la reelección de la diputación y logra ganar nuevamente el curul parlamentario.

[4]​ En 1997, fue designado director ejecutivo de FUNDAPPAC, el cual era una institución (financiada con apoyo internacional) que buscaba acercar el congreso a la ciudadanía y modernizarlo.

Durante el tiempo que estuvo al mando del ministerio, Alfonso Ferrufino tomó una línea conciliadora con los movimientos sociales.

Tiempo después, Ferrufino coordinó el programa de fortalecimiento democrático del PNUD (2005–2007) y desde 2007 ocupó distintas funciones en la sede boliviana de IDEA, el cual es una institución internacional dedicada al fortalecimiento democrático y especializada en asuntos electorales.