En 1906, ingresó en el Instituto Agrícola de Moscú en el que coincidió con Nikolái Vavílov.
Por ello, a pesar de las diferencias con los bolcheviques, no vaciló en colaborar críticamente con el nuevo gobierno y acordó trabajar en los organismos cooperativos.
[2] Desde allí asesoró al Comisario para la Agricultura y pudo escribir a Lenin sobre la importancia del crédito para las cooperativas.
Al regresar Chayanov a Rusia se posesionó como director en el Instituto de Investigación Científica de la Economía Agrícola y se convirtió en el especialista más destacado en temas agrarias y tuvo gran influencia en los máximos organismos de política agraria.
Coincidió con otros analistas en que la economía campesina en casi todas partes está ligada de diferentes maneras al mercado capitalista y sometida en varias formas al capital financiero (bancario e industrial).
Consideró que para era necesaria la "agronomía social" que por una parte generara e introdujera nuevas tecnologías adecuadas a las condiciones de producción, mejorara la gestión económica campesina y organizara a la población en cooperativas y por otra produjera desde el estado realizara los cambios económicos y políticos que la situación requería, como la nacionalización del crédito y una reforma agraria integral no simplemente fundiaria.
Stalin, que habló en la Conferencia, atacó "las teorías anticientíficas de economistas soviéticos como Chayanov".
El proceso estaba planificado para ser una farsa, pero se desplomó por la entereza de los acusados.
La verdadera rehabilitación de Chayánov ha sido la que a nivel mundial le ha hecho la ciencia económica agraria.
La economía clásica y neoclásica trata al campesinado con los mismos dogmas de Stalin: la gran propiedad es siempre la más eficiente.
Verdades que hoy los más juiciosos planificadores y economistas se ven obligados a reconocer, a pesar de la ola neoliberal y homogenizante.
En sus cartas se han encontrado tesis sobre el papel de los intelectuales en la revolución.
Recientemente se publicaron las notas autobiográficas que el NKVD le impuso escribir para su juicio.