Tienen su origen en el aislamiento de bahías litorales que se cerraron al mar por aportes sedimentarios, dando lugar a lagunas costeras.
Ya en el año 1751, se tenía constancia de la existencia de la albufera Honda, siendo en los años treinta del siglo pasado cuando se aísla del mar la albufera Nueva.
En estos arenales, fijados por la vegetación, existen zonas deprimidas que se inundaban en invierno y primavera, instalándose una comunidad hidrófila de gran extensión superficial, que era hábitat idóneo para muchas especies de animales, sobre todo aves, que obtenían refugio y un lugar apropiado para su reproducción.
[1] La agricultura intensiva es la principal amenaza a la reserva natural, ya que ejerce una presión extrema sobre las lagunas, las cuales se encuentran literalmente asfixiadas entre los invernaderos.
[2] Los constantes vertidos a las propias lagunas o a las ramblas que desembocan en las mismas, ha producido unas carencias de oxígeno en el agua con la consiguiente muerte masiva de peces.