Corrió en el Gran Premio de España, Cataluña, Valencia y Portugal en 2009, una vez más como un comodín, con la Aprilia, sin conseguir puntos.

Tras una gran pretemporada donde rodó con los mejores, el equipo tuvo problemas con el chasis del motor en las primeras carreras, lo cual le hizo acabar 14.º en Catar.

Luego en el Gran Premio de casa en Jerez, Moncayo logró acabar 7.º gracias a las inclemencias meteorológicas, donde casi la mitad de los pilotos se fueron al suelo.

La carrera fue ganada por el local Louis Rossi, y tercero fue también el joven español Álex Rins.

Tras cuatro posteriores carreras discretas, Jorge Martínez Aspar decidió prescindir el contrato de Alberto Moncayo, ante la mala temporada de este, y fue sustituido por el alemán Jonas Folger.