Más tarde obtuvo una licenciatura en ciencias políticas en 1996 y se doctoró en ciencias económicas en 2005 en la Universidad de Neuchâtel.

Se especializó en desarrollo económico regional y migraciones, temas en los cuales publicó varios trabajos entre 1996 y 2006.

Elegido en 2003 al Consejo de los Estados y reelegido en 2007 y 2011 (en la primera vuelta), como representante del cantón de Friburgo.

El 25 de noviembre de 2011 fue designado candidato oficial del Partido Socialista Suizo junto con el valdense Pierre-Yves Maillard para la sucesión de Micheline Calmy-Rey en el Consejo Federal.

[5]​ En enero de 2024, Berset se convirtió en el candidato del gobierno suizo para suceder a Marija Pejčinović Burić como Secretario General del Consejo de Europa, compitiendo con Didier Reynders e Indrek Saar.

[11]​ En septiembre de 2021, mientras se impugnaba la política sanitaria seguida por el Consejo Federal para superar la pandemia del COVID-19 y se criticaba a Alain Berset, el caso se actualizó: estalló una polémica por el uso de un vehículo de representación durante una escapada con esta mujer, por haber recurrido a funcionarios del Estado para zanjar el intento de chantaje, en particular mediante el envío de la unidad Tigris de la Policía Judicial Federal al domicilio del interesado, y por los límites entre el respeto a la vida privada invocado por el magistrado y el interés público.