Poco después de la Segunda Guerra Mundial, se formaron varias pequeñas aerolíneas privadas en Malta.

En 1947, las dos primeras compañías se fusionaron para formar "Air Malta Ltd" en competencia con la segunda.

Los propietarios de "Air Malta Ltd" utilizaron sus bienes inmuebles, personal y equipo para establecer una compañía de asistencia en tierra llamada "MAS (Malta Aviation Service)".

Concedieron la licencia sujeta al control eficaz de la línea aérea y que en cualquier momento serían ejercidos por el Gobierno, por los ciudadanos de Malta o por las empresas incorporadas conforme a las leyes del país.

También fue durante este tiempo que comenzó un acuerdo de código compartido con Trans World Airlines .

Air Malta también participó en Medavia, que opera con máquinas turboprop principalmente dentro de Libia para apoyar a la industria petrolera.

En invierno, la aerolínea a menudo arrendaba aviones para maximizar las ganancias durante la temporada baja.

En 2012, Air Malta se sometió a un proceso de cambio de marca, lo que causó cierta controversia ya que los títulos en aviones y señalización solo decían Malta, omitiendo la palabra Air .

El primer avión que mostró los nuevos colores fue el Airbus A320-200 9H-AEN en el Salón Aeronáutico Internacional de Malta 2012.

[8]​ Los planes de reestructuración incluyeron el reemplazo de la flota con aviones Airbus A320 Neo más nuevos, así como vuelos inaugurales a Asia y América del Norte con aviones Airbus A321LR.