Ella misma dirigía las tareas rurales en la estancia y también gustaba de salir a recorrer el campo.

Educó a sus hijos con extrema dureza, y no les perdonaba veleidades de niños ricos.

Poco tiempo después, un duro entredicho entre ambos terminó en el abandono del hogar por parte de Juan Manuel, que desde entonces se dedicó a administrar las estancias de su primo Nicolás Anchorena y a adquirir varias estancias.

Este acontecimiento, dejó muy herida a Doña Agustina, puesto que Juan Manuel era su hijo favorito.

El motivo de la partida no está demasiado esclarecido, algunos historiadores señalan que Juan Manuel se marcha en cuanto su madre le exige que se arrodille frente a su jefe de una tienda corriente, Agustina lo encierra en un cuarto desnudo, y ante esta humillación, Juan Manuel se aleja bajo el lema "Me voy sin llevar nada de lo que es mío" (Pancho O'Donnell.

En 1828, cuando la revolución unitaria derrocó a Manuel Dorrego y su hijo Juan Manuel sitió la ciudad de Buenos Aires, los jefes unitarios pretendieron requisar los caballos y mulas que tenía en los fondos de su casa.