[3][4] Considerando todas las especies asociadas, en las fincas ecológicas hay un 30% más que en las convencionales.
[1] Se nota particularmente en los pájaros, mariposas, microorganismos del suelo, escarabajos, lombrices, arañas, vegetación silvestre y mamíferos.
[4] Muchas especies vegetales atraen insectos beneficiosos que incrementan la calidad del suelo y se alimentan de las "malas hierbas".
[7] El aumento de la biodiversidad que se produce en la agricultura ecológica genera un capital natural a las personas.
[8] Los agricultores que producen ecológicamente reducen el riesgo de bajas cosechas promoviendo la biodiversidad.
Se dice que la agricultura ecológica es beneficiosa para las aves sin dejar de ser rentable.
Un estudio específico realizado en el Reino Unido en 2006 encontró más mariposas en las fincas ecológicas que en las convencionales, con diferencias significativas, excepto en dos especies potencialmente plaga.
El estudió también encontró mayores poblaciones en los márgenes incultos que en los terrenos donde se recolectaba la cosecha independientemente del método de manejo.
Las poblaciones de lombrices y su diversidad es la que mayor efecto significativo manifiesta en todos los estudios.
Se concluyó que la mayor disponibilidad de alimento en las fincas ecológicas era el motivo.
La actividad de las especies y su alimentación era más del doble en fincas ecológicas que en las convencionales.
Se concluye que las especies de hoja ancha muestran mucha menos tolerancia a los herbicidas utilizados en las fincas convencionales.
El pasar de convencional a agricultura ecológica no garantiza automáticamente que la biodiversidad aumente.
Los ideales conservacionistas son a menudo pasados por alto ya que requieren un esfuerzo físico o económico adicional por parte del agricultor.
[5] Los métodos comunes de eliminación de hierbas como la labranza y la quema controlada le da pocas oprtunidades a las especies para poder sobrevivir y a menudo con estos métodos en cultivo ecológico, si se usan en exceso, se obtienen resultados comparables en población y riqueza a los terrenos manejados convencionalmente.