Era buen amigo de Lodovico Grossi da Viadana, innovador temprano del bajo continuo.

Agazzari escribió muchos libros de música sacra, madrigales y el drama pastoral Eumelio (1606).

En el prefacio del drama menciona que le pidieron que ajustara el texto a la música solo un mes antes de su estreno; compuso la música en dos semanas, y copió las partes y ensayó en las siguientes dos semanas, algo impresionante incluso en la era moderna.

Agazzari es principalmente conocido, no obstante, por sus aportaciones teóricas en Del sonare sopra il basso (1607), uno de los primeros y más importantes trabajos sobre el bajo continuo.

Como en muchos tratados teóricos del Renacimiento tardío y el Barroco temprano, describe una práctica que ya estaba dándose.