Es una estación relativamente más tranquila que otras en la costa norte de Creta.Fue construido en el siglo XIII y fue uno de los más importantes durante el período veneciano, habiendo sido mencionado por varios viajeros.Cerca del monasterio hay una bodega donde se produjo vino y varios agujeros en la roca que eran usados como graneros por los monjes.Durante las fiestas de la santa, cientos de personas se cubren las manos, pies o piernas conarena mientras asiste a la liturgia en la cueva, pues se cree que la arena tiene poderes curativos.El monasterio ya no existe, estando en su lugar una iglesia de construcción relativamente reciente, igualmente dedicada a Panagia (Nuestra Señora), que conserva en su interior el único vestigio del antiguo monasterio: un arco de refuerzo (sfendonio).[6] En el lugar donde se encuentra la aldea existió una antigua ciudad minoica, que fue habitada desde c. 2000 a. C. Allí se encontraron varios vestigios datados entre 1700 a. C. y 1300 a. C., cuando los habitantes mantenían relaciones con Festo, Cnosos y las Cícladas.Durante el cerco otomano de Candia (Heraclión), fue utilizado para proporcionar ayuda a los sitiados.Fue en Agia Pelagia donde el célebre barco Arkadi ancló durante la Revuelta cretense de 1866-1869 para suministrar municiones a los rebeldes.Esto dio inicio al desarrollo turístico y explotación inmobiliaria en la zona.
La bahía de Ligaria, al sureste de Agia Pelagia, vista de oeste al este.
