Cody Banks (Frankie Muniz) es un agente secreto de la CIA que vive la mayor parte del tiempo como un adolescente de quince años normal y corriente.

Cuando la entrenadora de la CIA Ronica Miles (Angie Harmon) se presenta en el colegio para llevárselo, todo cambia, ya que tiene una misión muy importante que cumplir: el objetivo de Banks será proteger a una chica llamada Natalie Connors (Hilary Duff) y evitar que un malvado millonario (Ian McShane) utilice una plaga de nanorobots asesinos para dominar el mundo.

Para ello, cuenta con la supervisión de la agente Ronica Miles (Angie Harmon).

Al no obtener ayuda de nadie en la CIA para rescatarla, Cody decide ir él mismo a buscarla al lugar donde está secuestrada.

Con la ayuda de Ronica, que había ido a buscarlo para desbaratar sus planes, entran en los laboratorios de Brinckman y logran rescatar a Natalie.