Según Karel van Mander, además de pintar al óleo, proporcionó centenares de dibujos para vidrieras.
Murió accidentalmente en 1564, ahogado en el canal de Leiden.
Las primeras obras atribuidas a Aertgen van Leyden demuestran la influencia de su maestro, matizada en obras posteriores por el conocimiento de la pintura de los manieristas Jan van Scorel, Lucas van Leyden, Frans Floris y Maarten van Heemskerck.
También recibió la influencia de Hans Baldung Grien, a quien pudo conocer en un viaje a Alemania hecho posiblemente antes de 1530.
[1] Esa diversidad de influencias y cambios de estilo han hecho que resulte difícil reconocer sus obras, que con frecuencia han sido atribuidas a otros autores.