Durante la II Guerra Mundial, el aeropuerto sirvió como base de reparación para los bombarderos soviéticos que defendían le región.
Tras la guerra se construyó un complejo hotelero en las cercanías del aeropuerto, y a principios de los años 50 se construyó una nueva terminal, con la capacidad de atender a los nuevos aviones Tu-104.
En 1972 se amplió la terminal del aeropuerto y se creó Aeroflot-Omsk, una división de Aeroflot para satisfacer la demanda en la región, esta división operaba aviones Antonov An-24 y Tupolev Tu-154.
Actualmente el aeropuerto de Omsk está abierta las 24 horas del día para el vuelo chárter, de carga, vuelos regulares, nacionales e internacionales y personalidades.
La ciudad de Omsk fue una vez el más grande de Siberia, gracias a los suministros brindados por el ferrocarril transiberiano, es ahora la segunda ciudad en importancia, y aún mantiene una posición estratégica en el puente aéreo que conecta la parte europea y asiática de Rusia.