El aeropuerto toma su nombre del misionero vasco Joseba Aldamiz-Etxebarria, fallecido en el lugar mientras pilotaba un avión ligero en 1966.

[2]​ Este aeropuerto recibe un bajo número de vuelos nacionales y algunos internacionales.

El aeropuerto está localizado cerca de algunas de las áreas ecológicas más importantes del Perú, tales como Tambopata, Iberia, etc. Al igual que varios aeropuertos pequeños en el mundo, este sólo recibe un tipo de viajero, el turista ecológico.

La Fuerza Aérea del Perú envía aviones Boeing 707 a Puerto Maldonado para transporta civiles y carga.

La pista de aterrizaje es larga y está habilitada para recibir a un B747-400 con toda comodidad.