Originalmente el proyecto incluía disolver el ente autárquico llamado Organismo Regulador del Sistema Nacional de Aeropuertos - ORSNA y traspasar sus funciones a la ANAC, pero esto último no sucedió.
Por su parte, la ANAC, (antiguamente el CRA) se ocupa de las rutas aéreas y del control sobre la totalidad de las aeronaves que surcan el espacio aéreo nacional.
En tanto que la vigilancia y custodia del espacio aéreo soberano ante la invasión de aeronaves extranjeras u objetos no identificados en los radares, es función meramente militar, siempre fue realizado por el Ce.Vyca, unidad dependiente del Comando de Alistamiento y Adiestramiento de la Fuerza Aérea.
Todas estas estructuras recuperaron su autonomía civil a partir del Gobierno de Néstor Kirchner.
El Comando de Regiones Aéreas se constituía hacia el año, (Previo a su desactivación) de la siguiente manera: En noviembre de 2011, tras un conflicto sindical, se transfirieron nuevamente las funciones del control del tránsito aéreo nuevamente a la Fuerza Aérea Argentina denominándose Dirección General de Control del Tránsito Aéreo, recomendación recibida desde la OACI.
En la actualidad, Las direcciones regionales(mencionadas más arriba) controlan la navegación y las rutas aéreas.