En 1746, después de recibir su educación en Dundee, ingresó a la Real a bordo de una balandra de prueba, al mando del capitán Robert Haldane, con quien, en el HMS Trial y después en el HMS Shoreham, continuó hasta la Paz en 1748.
Como Comandante no tuvo ningún servicio adicional, pero el 25 de febrero de 1761 fue enviado y designado al HMS Valiant.
Volvió a Inglaterra en 1763 y, a pesar de su reiterada petición, no tuvo empleos adicionales durante muchos años.
En febrero de 1795 fue nombrado Comandante en jefe en el Mar del Norte, e izó su bandera a bordo del HMS Venerable.
Duncan continuó al mando de la flota del mar del Norte hasta 1801, pero sin ninguna oportunidad adicional de distinción.