La especie tipo A. guajiraensis fue nombrada por la península de la Guajira en la que se localiza la mina del Cerrejón.

Su hocico es más corto que el de Dyrosaurus, Atlantosuchus, Rhabdognathus y Congosaurus.

Otros miembros de su familia, los dirosáuridos como Guarinisuchus eran también piscívoros, pero de vida mayormente oceánica, mientras que esta especie, indica que el grupo tras la extinción del límite Cretácico-Terciario empezó a rellenar nichos ecológicos vacíos, en este caso "regresando" a los ecosistemas fluviales.

Como los crocodilianos actuales, los dirosáuridos eran capaces de controlar su grado de inclinación y flotabilidad en al agua contrayendo los músculos que se extienden entre el abdomen y la cadera.

[1]​ Este crocodilomorfo grande coexistía con la serpiente más grande conocida en el mundo, Titanoboa de 1,2 toneladas de peso, con la que pudo haber competido ocasionalmente por el alimento.

Abajo se encuentra un cladograma mostrando las relaciones filogenéticas de Acherontisuchus y las distribuciones de los dirosáuridos:[1]​ Sarcosuchus imperator Terminonaris robusta Elosuchus cherifiensis Chenanisuchus lateroculi Sokotosuchus ianwilsoni Phosphatosaurus gavialoides Cerrejonisuchus improcerus Arambourgisuchus khouribgaensis Dyrosaurus phophaticus Dyrosaurus maghribensis Hyposaurus rogersii Acherontisuchus guajiraensis Congosaurus bequaerti Atlantosuchus Guarinisuchus Rhabdognathus keiniensis Rhabdognathus aslerensis