Inaugurada el 1 de marzo de 1873,[2] tuvo como primer director al helenista y cervantista Julián Apraiz Sáenz del Burgo.
[1][3] En aquella primera junta directiva figuraron también Fermín Herrán, que era secretario, y Federico Baráibar, bibliotecario, entre otros.
[4] En el discurso inaugural leído por Apraiz, que luego se recogió escrito en el siguiente número de El Ateneo, se confesó «abrumado [...] bajo el peso de la distinción tan grande como inmerecida» e hizo algunas consideraciones sobre La fuerza de la sangre, perteneciente a las Novelas ejemplares.
[3] La institución fue perdiendo fuelle cuando Herrán, uno de sus principales promotores, dejó Vitoria para mudarse a Bilbao.
[5] Habría languidecido hasta al menos el año 1905.