En general, los ARN pequeños que funcionan en RNAi se asocian a proteínas de la familia "Argonauta", formando el complejo RISC (RNA-induced silencing complex) (para más información, véase El complejo RISC).
Las proteínas Argonauta comparten un dominio PAZ (Piwi, Argonauta, Zille) y un dominio Piwi característicos, y de acuerdo con su secuencia se pueden agrupar en tres familias:[5] En el caso de Drosophila, se han identificado 5 proteínas Argonauta:[6] Varios estudios han demostrado que las proteínas de la subfamilia Piwi se asocian a una población diferenciada de ARN pequeños en Drosophila,[7][8] ratones,[9][10] ratas[11] y peces cebra.
En Drosophila, este agrupamiento define loci reguladores maestros para el control de transposones.
[16] Brennecke y colaboradores propusieron que los loci reguladores maestros representan un sitio para la memoria genética de los transposones en moscas.
Sin embargo, no está claro por qué la producción de piARNs necesita estar concentrada en regiones específicas.
Los ARN interferentes mejor conocidos, los siRNAs y los miARNs, se generan respectivamente a partir de un precursor de doble hebra o en horquilla; estos precursores son procesados por enzimas ARNasas III.
Por analogía, originalmente se pensó que los rasiRNA de Drosophila debían ser procesados por una actividad ARNasa III similar a Dicer.