Fue fundado en 2002 por los aficionados del Wimbledon F.C., y juega en la Football League Two.
AFC Wimbledon inauguró su nuevo estadio, Plough Lane, en noviembre de 2020.
El AFC Wimbledon guarda una rivalidad acérrima con los MK Dons por la disputa de su legado histórico.
Esta reubicación, lógicamente, no fue bien recibida por la afición de los Dons, que decidieron dejar de apoyar a lo que ellos denominan "La Franquicia", creando un nuevo equipo, con los mismos colores, y escudo y nombre muy similar al del antiguo equipo, partiendo, eso sí, desde el fútbol regional inglés.
Tras los ascensos logrados por el equipo, este llegó a la Liga Profesional (Football League), y con ello, se aseguró la participación en los torneos nacionales de la FA Cup y la Capital One Cup, con lo que los derbis ante MK Dons pasaban a probables.
Además, consiguió la mayor goleada de la liga Isthmian, 9-0 al Chessington United en 2004.