En 1610 se le comisionó idéntica tarea respecto de la conducción del Real Situado a Chile.
En 1614 fue designado jefe del castillo de Arauco.
En 1620 fue acusado por el gobernador interino, Cristóbal de la Cerda y Sotomayor, en un complot para asesinar al gobernador Lope de Ulloa, junto a la viuda del fallecido, Francisca de Cobo y Lucero.
Ayala, de paso por Lima, habría comentado que el gobernador moriría pronto.
Las investigaciones de Cerda y Sotomayor sobre el supuesto envenenamiento no concluyeron.