La protección de la biodiversidad en propiedades privadas es la actividad principal del Queen Elizabeth II National Trust, creado en 1977 y que registra en la actualidad 4729 zonas pactadas (convenants) repartidas por todo el país.
[5] En la región de Fiordland, en la esquina sudoccidental de la Isla Sur, dominada por los Alpes del Sur, hay diez reservas marinas.
[13] El paisaje en esta zona se caracteriza por los profundos fiordos en toda la costa.
Algunas zonas son lo bastante inaccesibles como para que los efectos sobre la caza de ballenas o focas haya sido mínima, en parte debido al clima, muy inestable, con hasta doscientos días de lluvia y precipitaciones que van desde los 1200 mm en Te Anau, hasta los 8.000 mm en Milford Sound, el sitio más conocido por los turistas, en el Parque nacional de Fiordland y Patrimonio de la humanidad de Wahipounamu.
Hay numerosas islas protegidas en Nueva Zelanda, muchas de ellas consideradas santuarios, aunque en la calificación de la IUCN ocupan distintas categorías.