Para la temporada 2002 decidió abandonar el equipo de Aspar y fichó por el equipo español BQR pero los problemas económicos frustraron este fichaje por lo que pasó al equipo Campetella para seguir pilotando la Aprilia y consiguió el mismo resultado de la temporada anterior, la 11.º posición.
También tuvo un puesto como director técnico en el equipo Fortuna Aprilia.
Para la temporada 2008 vuelve plenamente a la competición como sustituto de Jorge Lorenzo en el equipo Lotus Aprilia (anteriormente llamado Fortuna Aprilia) teniendo como compañero a Aleix Espargaró.
Para la temporada 2009 el equipo Lotus Aprilia desapareció por lo que Álex buscó nuevo equipo con la promesa por parte de Aprilia de una montura oficial si reunía el dinero.
Su retirada estuvo directamente relacionada con una dura última temporada, donde se fracturó cuatro veces la clavícula y se sometió a diez operaciones en un periodo de un año.