Se trata de un ácido carboxílico fuerte debido a la influencia de la electronegatividad del grupo trifluorometilo.

[6]​ Se trata de un reactivo utilizado en síntesis orgánica, debido a una combinación conveniente de propiedades: volatilidad, solubilidad en disolventes orgánicos, y su fuerza como ácido[9]​ TFA también es menos comburente que el ácido sulfúrico, pero más fácilmente disponible en forma anhidra que muchos otros ácidos.

Es utilizado habitualmente como un ácido fuerte en la síntesis de péptidos y la síntesis de otros compuestos orgánicos para eliminar el grupo protector t-butoxicarbonilo.

Es un disolvente versátil para RMN (para materiales estables en medio ácido).

También se utiliza como calibrador en la espectrometría de masas.