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Variación estructural

La variación estructural genómica es la variación en la estructura del cromosoma de un organismo . Consiste en muchos tipos de variación en el genoma de una especie y generalmente incluye tipos microscópicos y submicroscópicos , como deleciones, duplicaciones, variantes del número de copias , inserciones, inversiones y translocaciones . Originalmente, una variación de estructura afecta una longitud de secuencia de aproximadamente 1 kb a 3 Mb, que es mayor que los SNP y menor que la anomalía cromosómica (aunque las definiciones se superponen). [1] Sin embargo, el rango operativo de variantes estructurales se ha ampliado para incluir eventos > 50 pb. [2] La definición de variación estructural no implica nada sobre la frecuencia o los efectos fenotípicos. Muchas variantes estructurales están asociadas con enfermedades genéticas , sin embargo muchas no. [3] [4] Investigaciones recientes sobre los SV indican que los SV son más difíciles de detectar que los SNP. Aproximadamente el 13% del genoma humano se define como estructuralmente variante en la población normal, y hay al menos 240 genes que existen como polimorfismos de deleción homocigotos en poblaciones humanas, lo que sugiere que estos genes son prescindibles en los humanos. [4] La evidencia que se acumula rápidamente indica que las variaciones estructurales pueden comprender millones de nucleótidos de heterogeneidad dentro de cada genoma, y ​​es probable que hagan una contribución importante a la diversidad humana y la susceptibilidad a las enfermedades.

Variación estructural microscópica

Microscópico significa que se puede detectar con microscopios ópticos , como aneuploidías , cromosomas marcadores , reordenamientos macroscópicos y variación en el tamaño de los cromosomas. [5] [6] Se cree que la frecuencia en la población humana está subestimada debido al hecho de que algunos de estos no son fáciles de identificar. Estas anomalías estructurales existen en 1 de cada 375 nacidos vivos según información putativa. [7]

Variación estructural submicroscópica.

Las variantes estructurales submicroscópicas son mucho más difíciles de detectar debido a su pequeño tamaño. El primer estudio realizado en 2004 que utilizó microarrays de ADN pudo detectar decenas de loci genéticos que exhibían variación , deleciones y duplicaciones en el número de copias , superiores a 100 kilobases en el genoma humano. [8] Sin embargo, para 2015, los estudios de secuenciación del genoma completo podrían detectar alrededor de 5.000 variantes estructurales tan pequeñas como 100 pares de bases que abarcan aproximadamente 20 megabases en cada genoma individual. [3] [4] Estas variantes estructurales incluyen eliminaciones, duplicaciones en tándem, inversiones e inserciones de elementos móviles . La tasa de mutación también es mucho más alta que la de las variantes estructurales microscópicas, estimada por dos estudios en 16% y 20% respectivamente, los cuales probablemente estén subestimados debido a los desafíos de detectar con precisión variantes estructurales. [3] [9] También se ha demostrado que la generación de variantes estructurales espontáneas aumenta significativamente la probabilidad de generar más variantes espontáneas de un solo nucleótido o indeles dentro de 100 kilobases del evento de variación estructural. [3]

Variación del número de copias

La variación del número de copias (CNV) es una gran categoría de variación estructural, que incluye inserciones , eliminaciones y duplicaciones . En estudios recientes, se prueban variaciones en el número de copias en personas que no tienen enfermedades genéticas, utilizando métodos que se utilizan para el genotipado cuantitativo de SNP. Los resultados muestran que el 28% de las regiones sospechosas en los individuos en realidad contienen variaciones en el número de copias. [10] [11] Además, las CNV en el genoma humano afectan a más nucleótidos que el polimorfismo de nucleótido único (SNP). También cabe señalar que muchas de las CNV no se encuentran en regiones codificantes. Debido a que las CNV generalmente son causadas por una recombinación desigual , secuencias similares generalizadas, como LINE y SINE , pueden ser un mecanismo común de creación de CNV. [12] [13]

inversión

Se conocen varias inversiones que están relacionadas con enfermedades humanas. Por ejemplo, la inversión recurrente de 400 kb en el gen del factor VIII es una causa común de hemofilia A , [14] y inversiones más pequeñas que afectan la idunorato 2-sulfatasa (IDS) causarán el síndrome de Hunter . [15] Más ejemplos incluyen el síndrome de Angelman y el síndrome de Sotos . Sin embargo, investigaciones recientes muestran que una persona puede tener 56 inversiones putativas, por lo que las inversiones que no son enfermedades son más comunes de lo que se suponía anteriormente. También en este estudio se indica que los puntos de interrupción de la inversión se asocian comúnmente con duplicaciones segmentarias. [16] Una inversión de 900 kb en el cromosoma 17 está bajo selección positiva y se predice que aumentará su frecuencia en la población europea. [17]

Otras variantes estructurales

Pueden ocurrir variantes estructurales más complejas que incluyen una combinación de las anteriores en un solo evento. [3] El tipo más común de variación estructural compleja son las duplicaciones no en tándem, donde la secuencia se duplica y se inserta en orientación invertida o directa en otra parte del genoma. [3] Otras clases de variantes estructurales complejas incluyen eliminación-inversión-eliminación, duplicación-inversión-duplicación y duplicaciones en tándem con eliminaciones anidadas. [3] También hay translocaciones crípticas y disomía uniparental segmentaria (UPD). Hay cada vez más informes sobre estas variaciones, pero son más difíciles de detectar que las variaciones tradicionales porque estas variantes están equilibradas y los métodos basados ​​en matrices o PCR no pueden localizarlas. [18]

Variación estructural y fenotipos.

Se sospecha que algunas enfermedades genéticas son causadas por variaciones estructurales, pero la relación no es muy segura. No es plausible dividir estas variantes en dos clases: "normales" o "enfermedades", porque la producción real de la misma variante también variará. Además, algunas de las variantes se seleccionan positivamente (mencionadas anteriormente). Una serie de estudios han demostrado que las CNV alteradoras de genes espontáneas ( de novo ) alteran genes aproximadamente cuatro veces más frecuentemente en el autismo que en los controles y contribuyen a aproximadamente entre el 5% y el 10% de los casos. [3] [19] [20] [21] [22] Las variantes hereditarias también contribuyen a alrededor del 5 al 10% de los casos de autismo. [3]

Las variaciones estructurales también tienen su función en la genética de poblaciones. Se puede utilizar una frecuencia diferente de una misma variación como marca genética para inferir relaciones entre poblaciones en diferentes áreas. Una comparación completa entre la variación estructural de humanos y chimpancés también sugirió que algunas de ellas pueden estar fijadas en una especie debido a su función adaptativa. [23] También hay supresiones relacionadas con la resistencia contra la malaria y el SIDA . [24] [25] Además, se cree que algunos segmentos altamente variables son causados ​​por la selección equilibrada, pero también hay estudios en contra de esta hipótesis. [26]

Base de datos de variación estructural.

Algunos navegadores de genoma y bases de datos bioinformáticas tienen una lista de variaciones estructurales en el genoma humano con énfasis en CNV y pueden mostrarlas en la página de exploración del genoma, por ejemplo, UCSC Genome Browser . [27] Debajo de la página que muestra una parte del genoma, hay "CNV de células comunes" y "Var estructural" que se pueden habilitar. En NCBI, hay una página especial [28] para variaciones estructurales. En ese sistema, se muestran las coordenadas "interiores" y "externas"; Ambos no son puntos de interrupción reales, sino un rango mínimo y máximo de secuencia afectado por la variación estructural. Los tipos se clasifican en inserción, pérdida, ganancia, inversión, LOH, evertida, transchr y UPD. [ cita necesaria ]

Métodos de detección

Firmas y patrones de SV para eliminación (A), inserción de secuencia nueva (B), inversión (C) y duplicación en tándem (D) en recuento de lectura (RC), par de lectura (RP), lectura dividida (SR), y métodos de ensamblaje de novo (AS). [29]

Se han desarrollado nuevos métodos para analizar la variación estructural genética humana a alta resolución. Los métodos utilizados para probar el genoma son de forma específica o de todo el genoma. Para las pruebas de todo el genoma, los enfoques de hibridación genómica comparativa basados ​​en matrices brindan los mejores escaneos de todo el genoma para encontrar nuevas variantes del número de copias. [30] Estas técnicas utilizan fragmentos de ADN que están marcados a partir de un genoma de interés y se hibridan, con otro genoma etiquetado de manera diferente, con matrices manchadas con fragmentos de ADN clonados. Esto revela diferencias en el número de copias entre dos genomas. [30]

Para exámenes específicos del genoma, los mejores ensayos para comprobar áreas específicas del genoma se basan principalmente en la PCR. El método basado en PCR mejor establecido es la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real (qPCR). [30] Un enfoque diferente es verificar específicamente ciertas áreas que rodean las duplicaciones segmentarias conocidas, ya que generalmente son áreas de variación del número de copias. [30] Se puede utilizar un método de genotipado de SNP que ofrece intensidades de fluorescencia independientes para dos alelos para apuntar a los nucleótidos entre dos copias de una duplicación segmentaria. [30] A partir de esto, se puede observar un aumento en la intensidad de uno de los alelos en comparación con el otro.

Con el desarrollo de la tecnología de secuenciación de próxima generación (NGS), se han informado cuatro clases de estrategias para la detección de variantes estructurales con datos NGS, cada una de las cuales se basa en patrones que son diagnósticos de diferentes clases de SV. [31] [29] [32] [33]

Ver también

Referencias

  1. ^ Feuk, Lars; Carson, Andrew R.; Scherer, Stephen W. (2006). "Variación estructural en el genoma humano". Naturaleza Reseñas Genética . 7 (2): 85–97. doi :10.1038/nrg1767. PMID  16418744. S2CID  17255998.
  2. ^ Alcano, lata; Coe, Bradley P.; Eichler, Evan E. (1 de marzo de 2011). "Descubrimiento de variaciones estructurales del genoma y genotipado". Naturaleza Reseñas Genética . 12 (5): 363–376. doi :10.1038/nrg2958. ISSN  1471-0056. PMC 4108431 . PMID  21358748. 
  3. ^ abcdefghi Brandler, William M.; Antaki, Danny; Gujral, Madhusudan; Noor, Amina; Rosanio, Gabriel; Chapman, Timothy R.; Barrera, Daniel J.; Lin, Guan Ning; Malhotra, Dheeraj; Watts, Amanda C.; Wong, Lorenzo C.; Estabillo, Jasper A.; Gadomski, Teresa E.; Hong, Oanh; Fajardo, Karin V. Fuentes; Bhandari, Abhishek; Owen, Renio; Baughn, Michael; Yuan, Jeffrey; Salomón, Terry; Moyzis, Alexandra G.; Maile, Michelle S.; Sanders, Stephan J.; Reiner, Gail E.; Vaux, Keith K.; Strom, Charles M.; Zhang, Kang; Muotri, Alysson R.; Akshoomoff, Natacha; Leal, Susana M.; Perforar, Karen; Courchesne, Eric; Iakoucheva, Lilia M.; Corsello, Cristina; Sebat, Jonathan (24 de marzo de 2016). "Frecuencia y complejidad de la mutación estructural de novo en el autismo". La Revista Estadounidense de Genética Humana . 98 (4): 667–79. doi :10.1016/j.ajhg.2016.02.018. PMC 4833290 . PMID  27018473. 
  4. ^ abc Sudmant, Peter H.; Rausch, Tobías; Gardner, Eugene J.; Handsaker, Robert E.; Abyzov, Alexej; Huddleston, John; Zhang, Yan; Vosotros, Kai; junio, bueno; Hsi-Yang Fritz, Markus; Konkel, Miriam K.; Malhotra, Ankit; Stütz, Adrián M.; Shi, Xinghua; Paolo Casale, Francesco; Chen, Jieming; Hormozdiari, Fereydoun; Dayama, Gargi; Chen, Ken; Malig, Maika; Chaisson, Mark JP; Walter, Klaudia; Meiers, Sascha; Kashin, Seva; Guarnición, Erik; Auton, Adán; Lam, Hugo YK; Jazmín Mu, Xinmeng; Alcano, lata; Antaki, Danny; Bae, Taejeong; Cerveira, Eliza; Chinos, Peter; Chong, Zechen; Clarke, Laura; Dal, Elif; Ding, Li; Emery, Sara; Fan, Xian; Gujral, Madhusudan; Kahveci, Fatma; Kidd, Jeffrey M.; Kong, Yu; Lameijer, Eric-Wubbo; McCarthy, Shane; Flicek, Paul; Gibbs, Richard A.; Marth, Gabor; Mason, Christopher E.; Menelaou, Andrónico; Muzny, Donna M.; Nelson, Bradley J.; Noor, Amina; Parrish, Nicolás F.; Pendleton, Mateo; Quitadamo, Andrés; Raeder, Benjamín; Schadt, Eric E.; Romanovitch, Mallory; Schlattl, Andreas; Sebra, Robert; Shabalin, Andrey A.; Untergasser, Andreas; Walker, Jerilyn A.; Wang, Min; Yu, Fuli; Zhang, Chengsheng; Zhang, Jing; Zheng-Bradley, Xiangqun; Zhou, errante; Zichner, Thomas; Sebat, Jonathan; Batzer, Mark A.; McCarroll, Steven A.; Molinos, Ryan E.; Gerstein, Mark B .; Bashir, Ali; Stegle, Oliver; Devine, Scott E.; Lee, Carlos; Eichler, Evan E .; Korbel, Jan O. (30 de septiembre de 2015). "Un mapa integrado de variación estructural en 2.504 genomas humanos". Naturaleza . 526 (7571): 75–81. Bibcode :2015Natur.526...75.. doi :10.1038/nature15394. PMC 4617611 . PMID  26432246. 
  5. ^ Reich, David E.; Schaffner, Stephen F.; Daly, Mark J.; McVean, Gil ; Mullikin, James C.; Higgins, John M.; Richter, Daniel J.; Lander, Eric S .; Altshuler, David (2002). "Variación de la secuencia del genoma humano y la influencia de la historia, mutación y recombinación de los genes". Genética de la Naturaleza . 32 (1): 135–42. doi :10.1038/ng947. PMID  12161752. S2CID  16822751.
  6. ^ Gripenberg, Ulla (1964). "Variación de tamaño y orientación del cromosoma Y humano". Cromosoma . 15 (5): 618–29. doi :10.1007/BF00319995. PMID  14333154. S2CID  26549548.
  7. ^ Wyandt, ÉL; Tonk, VS (2004). Atlas de heteromorfismos cromosómicos humanos . Países Bajos: Kluwer Academic. ISBN 978-90-481-6296-3.[ página necesaria ]
  8. ^ Sebat, J. (23 de julio de 2004). "Polimorfismo del número de copias a gran escala en el genoma humano". Ciencia . 305 (5683): ​​525–528. Código Bib : 2004 Ciencia... 305.. 525S. doi : 10.1126/ciencia.1098918. PMID  15273396. S2CID  20357402.
  9. ^ Kloosterman, Wigard P.; Francioli, Laurent C.; Hormozdiari, Fereydoun; Marschall, Tobías; Hehir-Kwa, Jayne Y.; Abdellaoui, Abdel; Lameijer, Eric-Wubbo; Moed, Matthijs H.; Koval, Vyacheslav; Renkens, Ivo; van Roosmalen, Markus J.; Arp, Pascal; Karssen, Lennart C.; Coe, Bradley P.; Handsaker, Robert E.; Suchiman, Eka D.; Cuppen, Edwin; Thung, Djie Tjwan; McVey, Mitch; Wendl, Michael C .; Uitterlinden, André; van Duijn, Cornelia M.; Swertz, Morris A.; Wijmenga, Cisca; van Ommen, GertJan B.; Slagboom, P. Eline; Boomsma, Dorret I.; Schönhuth, Alejandro; Eichler, Evan E .; de Bakker, Paul IW; Vosotros, Kai; Guryev, Víctor (junio de 2015). "Características de los cambios estructurales de novo en el genoma humano". Investigación del genoma . 25 (6): 792–801. doi :10.1101/gr.185041.114. PMC 4448676 . PMID  25883321. 
  10. ^ Sebat, J.; Lakshmi, B; Troge, J; Alejandro, J; Joven, J; Lundin, P; Manér, S; Masa, H; et al. (2004). "Polimorfismo del número de copias a gran escala en el genoma humano". Ciencia . 305 (5683): ​​525–8. Código Bib : 2004 Ciencia... 305.. 525S. doi : 10.1126/ciencia.1098918. PMID  15273396. S2CID  20357402.
  11. ^ Iafrate, A John; Feuk, Lars; Rivera, Miguel N; Listewnik, Marc L; Donahoe, Patricia K ; Qi, Ying; Scherer, Stephen W; Lee, Charles (2004). "Detección de variaciones a gran escala en el genoma humano". Genética de la Naturaleza . 36 (9): 949–51. doi : 10.1038/ng1416 . PMID  15286789.
  12. ^ Lupski, James R. (2010). "Retrotransposición y variación estructural en el genoma humano". Celúla . 141 (7): 1110–2. doi : 10.1016/j.cell.2010.06.014 . PMID  20602993. S2CID  2047696.
  13. ^ Lam, Hugo YK; Mu, jazmín Xinmeng; Stutz, Adrián M; Tanzer, Andrea; Cayting, Philip D; Snyder, Michael; Kim, Philip M; Korbel, Jan O ; Gerstein, Mark B (2010). "Análisis de resolución de nucleótidos de variantes estructurales utilizando BreakSeq y una biblioteca de puntos de interrupción". Biotecnología de la Naturaleza . 28 (1): 47–55. doi :10.1038/nbt.1600. PMC 2951730 . PMID  20037582. 
  14. ^ Lakich, Delia; Kazazian, Haig H.; Antonarakis, Stylianos E.; Gitschier, Jane (1993). "Las inversiones que alteran el gen del factor VIII son una causa común de hemofilia A grave". Genética de la Naturaleza . 5 (3): 236–41. doi :10.1038/ng1193-236. PMID  8275087. S2CID  25636383.
  15. ^ Bondeson, Maire-Louise; Dahl, Niklas; Malmgren, Helena; Kleijer, Wim J.; Tönnesen, Tönne; Carlberg, Britt-Marie; Pettersson, Ulf (1995). "Inversión del gen IDS resultante de la recombinación con secuencias relacionadas con IDS en una causa común del síndrome de Hunter". Genética Molecular Humana . 4 (4): 615–21. doi :10.1093/hmg/4.4.615. PMID  7633410.
  16. ^ Tuzun, Eray; Sharp, Andrew J; Bailey, Jeffrey A; Kaul, Rajinder; Morrison, V. Anne; Pertz, Lisa M; Haugen, Eric; Hayden, Hillary; et al. (2005). "Variación estructural a pequeña escala del genoma humano". Genética de la Naturaleza . 37 (7): 727–32. doi :10.1038/ng1562. PMID  15895083. S2CID  14162962.
  17. ^ Stefansson, Hreinn; Helgason, Agnar; Thorleifsson, Gudmar; Steinthorsdóttir, Valgerdur; Masson, Gisli; Barnard, Juan; Panadero, Adán; Jonasdottir, Aslaug; et al. (2005). "Una inversión común bajo selección en los europeos". Genética de la Naturaleza . 37 (2): 129–37. doi :10.1038/ng1508. PMID  15654335. S2CID  120515.
  18. ^ Sung, Wing-Kin (18 de mayo de 2017). Algoritmos para secuenciación de próxima generación. Boca Ratón. pag. 215.ISBN​ 978-1-4665-6551-7. OCLC  987790994.{{cite book}}: Mantenimiento CS1: falta el editor de la ubicación ( enlace )
  19. ^ Sebat, J.; Lakshmi, B.; Malhotra, D.; Troge, J.; Lese-Martin, C.; Walsh, T.; Yamrom, B.; Yoon, S.; Krasnitz, A.; Kendall, J.; Leotta, A.; Pagado.; Zhang, R.; Lee, Y.-H.; Hicks, J.; Spence, SJ; Lee, AT; Pura, K.; Lehtimaki, T.; Ledbetter, D.; Gregersen, PK; Bregman, J.; Sutcliffe, JS; Jobanputra, V.; Chung, W.; Warburton, D.; Rey, M.-C.; Skuse, D.; Geschwind, DH; Gilliam, TC; Sí, K.; Wigler, M. (20 de abril de 2007). "Fuerte asociación de mutaciones del número de copias de novo con el autismo". Ciencia . 316 (5823): 445–449. Código Bib : 2007 Ciencia... 316.. 445S. doi : 10.1126/ciencia.1138659. PMC 2993504 . PMID  17363630. 
  20. ^ Pinto, Dalila; Delaby, Elsa; Mérico, Daniele; Barbosa, Mafalda; Merikangas, Alison; Klei, Lambertus; Thiruvahindrapuram, Bhooma; Xu, Xiao; Ziman, Robert; Wang, Zhuozhi; Vorstman, Jacob AS; Thompson, Ana; Regán, Regina; Pilorge, Marion; Pellecchia, Giovanna; Pagnamenta, Alistair T.; Oliveira, Bárbara; Marshall, Christian R.; Magalhaes, Tiago R.; Lowe, Jennifer K.; Howe, Jennifer L.; Griswold, Anthony J.; Gilbert, Juan; Duketis, Eftiquia; Dombroski, Beth A.; De Jonge, Maretha V.; Cucaro, Michael; Crawford, Emily L.; Correia, Catarina T.; et al. (mayo de 2014). "Convergencia de genes y vías celulares desreguladas en los trastornos del espectro autista". La Revista Estadounidense de Genética Humana . 94 (5): 677–694. doi :10.1016/j.ajhg.2014.03.018. PMC 4067558 . PMID  24768552. 
  21. ^ Levy, Dan; Ronemus, Michael; Yamrom, Boris; Lee, Yoon Ha; Leotta, Antonio; Kendall, Judas; Marcas, Steven; Lakshmi, B.; Pai, Deepa; Sí, Kenny; Buja, Andreas; Krieger, Abba; Yoon, Seungtai; Troge, Jennifer; Rodgers, Linda; Iossifov, Iván; Wigler, Michael (junio de 2011). "Variación rara de novo y número de copias transmitida en los trastornos del espectro autista". Neurona . 70 (5): 886–897. doi : 10.1016/j.neuron.2011.05.015 . PMID  21658582. S2CID  11132936.
  22. ^ Lijadoras, Stephan J.; Ercan-Sencicek, A. Gulhan; Hus, Vanessa; Luo, Rui; Murtha, Michael T.; Moreno-De-Luca, Daniel; Chu, Su H.; Moreau, Michael P.; Gupta, Abha R.; Thomson, Susanne A.; Mason, Christopher E.; Bilguvar, Kaya; Celestino-Soper, Patricia BS; Choi, Murim; Crawford, Emily L.; Davis, Lea; Davis Wright, Nicole R.; Dhodapkar, Rahul M.; DiCola, Michael; DiLullo, Nicolás M.; Fernández, Tomás V.; Fielding-Singh, Vikram; Fishman, Daniel O.; Frahm, Stephanie; Garagaloyan, Rouben; Dios, Gerald S.; Kammela, Sindhuja; Klei, Lambertus; Lowe, Jennifer K.; Lund, Sabata C.; McGrew, Anna D.; Meyer, Kyle A.; Moffat, William J.; Murdoch, John D.; O'Roak, Brian J.; Ober, Gordon T.; Pottenger, Rebecca S.; Raubeson, Melanie J.; Canción, Youeun; Wang, Qi; Yaspan, Brian L.; Yu, Timothy W.; Yurkiewicz, Ilana R.; Beaudet, Arthur L.; Cantor, Rita M.; Curland, Martín; Grice, Dorothy E.; Gunel, Murat; Lifton, Richard P.; Mane, Shrikant M.; Martín, Donna M.; Shaw, Chad A.; Sheldon, Michael; Tischfield, Jay A.; Walsh, Christopher A.; Mañana, Eric M.; Ledbetter, David H.; Fombonne, Eric; Señor, Catalina; Martín, Christa Lese; Brooks, Andrés I.; Sutcliffe, James S.; Cocinero, Edwin H.; Geschwind, Daniel; Roeder, Kathryn ; Devlin, Bernie; Estado, Matthew W. (junio de 2011). "Múltiples CNV recurrentes de novo, incluidas las duplicaciones de la región del síndrome de Williams 7q11.23, están fuertemente asociadas con el autismo". Neurona . 70 (5): 863–885. doi :10.1016/j.neuron.2011.05.002. PMC 3939065 . PMID  21658581. 
  23. ^ Johnson, Mateo E.; Viggiano, Luigi; Bailey, Jeffrey A.; Abdul-Rauf, Munah; Goodwin, Graham; Rocchi, Mariano; Eichler, Evan E. (2001). "Selección positiva de una familia de genes durante la aparición de humanos y simios africanos". Naturaleza . 413 (6855): 514–9. Código Bib :2001Natur.413..514J. doi :10.1038/35097067. PMID  11586358. S2CID  4327069.
  24. ^ Redon, Richard; Ishikawa, Shumpei; Fitch, Karen R.; Feuk, Lars; Perry, George H.; Andrews, T.Daniel; Fiegler, Heike; Shapero, Michael H.; et al. (2006). "Variación global en el número de copias en el genoma humano". Naturaleza . 444 (7118): 444–54. Código Bib :2006Natur.444..444R. doi : 10.1038/naturaleza05329. PMC 2669898 . PMID  17122850. 
  25. ^ González, E.; Kulkarni, H; Bolívar, H; Mangano, A; Sánchez, R; Cataño, G; Nibbs, RJ; Freedman, BI; et al. (2005). "La influencia de las duplicaciones segmentarias que contienen el gen CCL3L1 sobre la susceptibilidad al VIH-1/SIDA". Ciencia . 307 (5714): 1434–40. Código Bib : 2005 Ciencia... 307.1434G. doi :10.1126/ciencia.1101160. PMID  15637236. S2CID  8815153.
  26. ^ Bubb, KL; Bovee, D; Buckley, D; Haugen, E; Kibukawa, M; Paddock, M; Palmieri, A; Subramanian, S; et al. (2006). "El escaneo del genoma humano no revela nuevos loci bajo la antigua selección de equilibrio". Genética . 173 (4): 2165–77. doi :10.1534/genética.106.055715. PMC 1569689 . PMID  16751668. 
  27. ^ "Humano hg38 chr1: 11,102,837-11,267,747 UCSC Genome Browser v374".
  28. ^ "Descripción general de la variación estructural".
  29. ^ ab Tattini, Lorenzo; D'Aurizio, Romina; Reyes Magos, Alberto (2015). "Detección de variantes estructurales genómicas a partir de datos de secuenciación de próxima generación". Fronteras en Bioingeniería y Biotecnología . 3 (92): 92. doi : 10.3389/fbioe.2015.00092 . PMC 4479793 . PMID  26161383. 
  30. ^ ABCDE Feuk, L.; Carson, AR; Schere, SW (2006). "Variación estructural en el genoma humano". Naturaleza Reseñas Genética . 7 (2): 85–97. doi :10.1038/nrg1767. PMID  16418744. S2CID  17255998.
  31. ^ Korbel JO, Urban AE, Affourtit JP, Godwin B, Grubert F, Simons JF, Kim PM, Palejev D, Carriero NJ, Du L, Taillon BE, Chen Z, Tanzer A, Saunders AC, Chi J, Yang F, Carter NP, Hurles ME, Weissman SM, Harkins TT, Gerstein MB, Egholm M, Snyder M (octubre de 2007). "El mapeo de extremos pares revela una amplia variación estructural en el genoma humano". Ciencia . 318 (5849): 420–6. Código Bib : 2007 Ciencia... 318.. 420K. doi : 10.1126/ciencia.1149504. PMC 2674581 . PMID  17901297. 
  32. ^ Alcano, lata; Coe, Bradley P.; Eichler, Evan E. (2011). "Descubrimiento de variaciones estructurales del genoma y genotipado". Naturaleza Reseñas Genética . 12 (5): 363–376. doi :10.1038/nrg2958. PMC 4108431 . PMID  21358748. 
  33. ^ Kuzniar, Arnold; Maassen, Jason; Verhoeven, Stefan; Santuario, Luca; Shneider, Carl; Kloosterman, Wigard P.; de Ridder, Jeroen (2020). "sv-callers: un flujo de trabajo paralelo altamente portátil para la detección de variantes estructurales en datos de secuencia del genoma completo". PeerJ . 8 (5): 2167–8359. doi : 10.7717/peerj.8214 . PMC 6951283 . PMID  31934500. 
  34. ^ Ebert P, Audano PA, Zhu Q, Rodríguez-Martin B, Porubsky D, Bonder MJ, Sulovari A, Ebler J, Zhou W, Serra Mari R, Yilmaz F, Zhao X, Hsieh P, Lee J, Kumar S, Lin J, Rausch T, Chen Y, Ren J, Santamarina M, Höps W, Ashraf H, Chuang NT, Yang X, Munson KM, Lewis AP, Fairley S, Tallon LJ, Clarke WE, Basile AO, Byrska-Bishop M, Corvelo A, Evani US, Lu TY, Chaisson MJ, Chen J, Li C, Brand H, Wenger AM, Ghareghani M, Harvey WT, Raeder B, Hasenfeld P, Regier AA, Abel HJ, Hall IM, Flicek P, Stegle O, Gerstein MB, Tubio JM, Mu Z, Li YI, Shi X, Hastie AR, Ye K, Chong Z, Sanders AD, Zody MC, Talkowski ME, Mills RE, Devine SE, Lee C, Korbel JO, Marschall T, Eichler EE (abril de 2021). "Diversos genomas humanos resueltos por haplotipos y análisis integrado de variación estructural". Ciencia . 372 (6537). doi : 10.1126/science.abf7117 . PMC 8026704 . PMID  33632895. 

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