El término “Skunk Works” es una adaptación tomada de una tira cómica escrita por Al Capp en el Li'l Abner, una serie de publicaciones satíricas que fueron inmensamente populares desde 1935 hasta 1950.Según la historieta, decenas de lugareños sufrían anualmente los humos tóxicos del "aceite de mofeta" concentrado, que se elaboraba y embarrilaba diariamente por "Big Barnsmell" (conocido como el solitario "topo" de Skonk Works), que molía mofetas muertas y zapatos usados en un alambique humeante, para algún propósito misterioso y no específico.Desde aquel momento el mote Skonk Works terminó siendo el nombre adoptado por esta organización.Culver dijo más tarde en una entrevista realizada en 1993 que "cuando Kelly Johnson se enteró del incidente me echó de inmediato.Dos días más tarde el visto bueno fue dado a la Lockheed Martin para iniciar el desarrollo y se creó Skunk Works, con Kelly Johnson al mando.Muchas veces un cliente que vendría a Skunk Works con una petición y un apretón de manos y el proyecto se iniciaba, sin contratos en vigor, ni los procesos de presentación oficiales.Un pequeño equipo de ingenieros dirigido por Kelly Johnson creó el primer prototipo en sólo 143 días.Skunk Works predijo que el U-2 había limitado su vida operacional sobre la Unión Soviética.Varios años más tarde, la Fuerza Aérea de los Estados Unidos se interesó en el diseño, y ordenó la construcción del Lockheed SR-71, una perfeccionada versión de dos plazas del A-12.Esta primera aeronave surcó los cielos en 1966 y continuó en servicio hasta 1998.El Vehículo aéreo no tripulado D-21, con un diseño similar al Blackbird se construyó para sobrevolar China.
Uno de los mayores y modernos proyectos de Skunk Works, el SR-71 Blackbird.