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Campo de fuerza (química)

Parte del campo de fuerza del etano para el enlace de estiramiento CC.

En el contexto de la química , la física molecular , la química física y el modelado molecular , un campo de fuerza es un modelo computacional que se utiliza para describir las fuerzas entre átomos (o conjuntos de átomos) dentro de moléculas o entre moléculas, así como en cristales. Los campos de fuerza son una variedad de potenciales interatómicos . Más precisamente, el campo de fuerza se refiere a la forma funcional y los conjuntos de parámetros utilizados para calcular la energía potencial de un sistema en el nivel atómico. Los campos de fuerza se utilizan generalmente en dinámica molecular o simulaciones de Monte Carlo . Los parámetros para una función de energía elegida pueden derivarse de datos de experimentos de laboratorio clásicos, cálculos en mecánica cuántica o ambos. Los campos de fuerza utilizan el mismo concepto que los campos de fuerza en la física clásica , con la principal diferencia de que los parámetros del campo de fuerza en química describen el paisaje energético en el nivel atómico. A partir de un campo de fuerza, las fuerzas que actúan sobre cada partícula se derivan como un gradiente de la energía potencial con respecto a las coordenadas de la partícula. [1]

En la actualidad, existen numerosos tipos de campos de fuerza diferentes (por ejemplo, para moléculas orgánicas , iones , polímeros , minerales y metales ). En función del material, se suelen elegir diferentes formas funcionales para los campos de fuerza, ya que en el comportamiento del material predominan diferentes tipos de interacciones atómicas.

Existen varios criterios que se pueden utilizar para categorizar las estrategias de parametrización de campos de fuerza. Una diferenciación importante es "específica del componente" y "transferible". Para una parametrización específica del componente, el campo de fuerza considerado se desarrolla únicamente para describir una sola sustancia dada (por ejemplo, agua). [2] Para un campo de fuerza transferible, todos o algunos parámetros se diseñan como bloques de construcción y se vuelven transferibles/aplicables para diferentes sustancias (por ejemplo, grupos metilo en campos de fuerza transferibles de alcanos). [3] Una diferenciación importante diferente aborda la estructura física de los modelos: Los campos de fuerza de 11 átomos proporcionan parámetros para cada tipo de átomo en un sistema, incluido el hidrógeno , mientras que los potenciales interatómicos de átomos unidos tratan los átomos de hidrógeno y carbono en grupos metilo y puentes de metileno como un centro de interacción. [4] [5] Los potenciales de grano grueso , que a menudo se utilizan en simulaciones de largo plazo de macromoléculas como proteínas , ácidos nucleicos y complejos multicomponentes, sacrifican detalles químicos para una mayor eficiencia computacional. [6]

Campos de fuerza para sistemas moleculares

Función de energía potencial de mecánica molecular con disolvente continuo.

La forma funcional básica de la energía potencial para modelar sistemas moleculares incluye términos de interacción intramolecular para interacciones de átomos que están unidos por enlaces covalentes y términos intermoleculares (es decir, no enlazados, también denominados no covalentes ) que describen las fuerzas electrostáticas y de van der Waals de largo alcance . La descomposición específica de los términos depende del campo de fuerza, pero una forma general para la energía total en un campo de fuerza aditivo se puede escribir como donde los componentes de las contribuciones covalentes y no covalentes se dan por las siguientes sumas:

Los términos de enlace y ángulo suelen modelarse mediante funciones de energía cuadráticas que no permiten la ruptura del enlace. Una descripción más realista de un enlace covalente a mayor estiramiento la proporciona el potencial de Morse , más costoso . La forma funcional de la energía diedral es variable de un campo de fuerza a otro. Se pueden añadir términos "torsionales impropios" adicionales para reforzar la planaridad de los anillos aromáticos y otros sistemas conjugados , y "términos cruzados" que describen el acoplamiento de diferentes variables internas, como ángulos y longitudes de enlace. Algunos campos de fuerza también incluyen términos explícitos para los enlaces de hidrógeno .

Los términos no enlazados son los que requieren más esfuerzo computacional. Una opción popular es limitar las interacciones a energías por pares. El término de van der Waals se calcula generalmente con un potencial de Lennard-Jones [7] o el potencial de Mie [8] y el término electrostático con la ley de Coulomb . Sin embargo, ambos pueden amortiguarse o escalarse mediante un factor constante para tener en cuenta la polarizabilidad electrónica . En las últimas décadas se ha propuesto una gran cantidad de campos de fuerza basados ​​en esta o expresiones de energía similares para modelar diferentes tipos de materiales, como sustancias moleculares, metales, vidrios, etc.; consulte a continuación una lista completa de campos de fuerza.

Estiramiento de enlaces

Como es raro que los enlaces se desvíen significativamente de sus valores de equilibrio, los enfoques más simplistas utilizan una fórmula de la ley de Hooke : donde es la constante de fuerza, es la longitud del enlace y es el valor de la longitud del enlace entre átomos y cuando todos los demás términos en el campo de fuerza se establecen en 0. El término a veces se define de manera diferente o se toma en diferentes condiciones termodinámicas.

La constante de estiramiento del enlace se puede determinar a partir del espectro infrarrojo experimental, el espectro Raman o cálculos mecánico-cuánticos de alto nivel. [4] La constante determina las frecuencias vibracionales en simulaciones de dinámica molecular . Cuanto más fuerte es el enlace entre átomos, mayor es el valor de la constante de fuerza y ​​mayor el número de onda (energía) en el espectro IR/Raman.

Aunque la fórmula de la ley de Hooke proporciona un nivel razonable de precisión en longitudes de enlace cercanas a la distancia de equilibrio, es menos precisa a medida que uno se aleja. Para modelar mejor la curva de Morse, se podrían emplear potencias cúbicas y superiores. [4] [9] Sin embargo, para la mayoría de las aplicaciones prácticas, estas diferencias son insignificantes y las imprecisiones en las predicciones de longitudes de enlace son del orden de la milésima de angstrom, que también es el límite de confiabilidad para los campos de fuerza comunes. Se puede emplear un potencial de Morse en su lugar para permitir la ruptura de enlaces y una mayor precisión, aunque es menos eficiente de calcular. Para los campos de fuerza reactivos, se consideran además la ruptura de enlaces y los órdenes de enlace.

Interacciones electrostáticas

Las interacciones electrostáticas se representan mediante una energía de Coulomb, que utiliza cargas atómicas para representar enlaces químicos que van desde enlaces covalentes a enlaces covalentes polares y enlaces iónicos . La fórmula típica es la ley de Coulomb : donde es la distancia entre dos átomos y . La energía total de Coulomb es una suma de todas las combinaciones de pares de átomos y generalmente excluye átomos enlazados 1, 2, átomos enlazados 1, 3 y átomos enlazados 1, 4 [ aclarar ] . [10] [11] [12]

Las cargas atómicas pueden realizar contribuciones importantes a la energía potencial, especialmente en el caso de moléculas polares y compuestos iónicos, y son fundamentales para simular la geometría, la energía de interacción y la reactividad. La asignación de cargas suele utilizar algún enfoque heurístico, con diferentes soluciones posibles.

Campos de fuerza para sistemas cristalinos

Las interacciones atomísticas en los sistemas cristalinos difieren significativamente de las de los sistemas moleculares, [13] por ejemplo, de las moléculas orgánicas. En los sistemas cristalinos, las interacciones multicuerpo son particularmente importantes y no se pueden descuidar si se busca una alta precisión del campo de fuerza. En los sistemas cristalinos con enlaces covalentes, se utilizan normalmente potenciales de orden de enlace , por ejemplo, potenciales de Tersoff. [14] En los sistemas metálicos, se utilizan normalmente potenciales de átomos embebidos [15] [16] . Para los metales, también se han desarrollado los denominados potenciales modelo de Drude , [17] que describen una forma de unión de los electrones a los núcleos. [18] [19]

Parametrización

Además de la forma funcional de los potenciales, un campo de fuerza consta de los parámetros de estas funciones. Juntos, especifican las interacciones a nivel atómico. La parametrización, es decir, la determinación de los valores de los parámetros, es crucial para la precisión y fiabilidad del campo de fuerza. Se han desarrollado diferentes procedimientos de parametrización para la parametrización de diferentes sustancias, p. ej. metales, iones y moléculas. Para diferentes tipos de materiales, normalmente se utilizan diferentes estrategias de parametrización. En general, se pueden distinguir dos tipos principales para la parametrización, ya sea utilizando datos/información del nivel atómico, p. ej. de cálculos mecánicos cuánticos o datos espectroscópicos, o utilizando datos de propiedades macroscópicas, p. ej. la dureza o compresibilidad de un material determinado. A menudo se utiliza una combinación de estas rutas. Por lo tanto, de una forma u otra, los parámetros del campo de fuerza siempre se determinan de forma empírica. Sin embargo, el término "empírico" se utiliza a menudo en el contexto de los parámetros del campo de fuerza cuando se utilizan datos de propiedades macroscópicas del material para el ajuste. Datos experimentales (microscópicos y macroscópicos) incluidos para el ajuste, por ejemplo, la entalpía de vaporización , la entalpía de sublimación , los momentos dipolares y varias propiedades espectroscópicas como las frecuencias vibracionales. [20] [9] [21] A menudo, para sistemas moleculares, los cálculos mecánicos cuánticos en fase gaseosa se utilizan para parametrizar interacciones intramoleculares y parametrizar interacciones dispersivas intermoleculares mediante el uso de propiedades macroscópicas como las densidades de líquidos. [3] [22] [23] La asignación de cargas atómicas a menudo sigue protocolos mecánicos cuánticos con algunas heurísticas, lo que puede conducir a una desviación significativa en la representación de propiedades específicas. [24] [25] [26]

En las últimas décadas se han empleado una gran cantidad de flujos de trabajo y procedimientos de parametrización utilizando diferentes datos y estrategias de optimización para determinar los parámetros del campo de fuerza. Estos difieren significativamente, lo que también se debe a los diferentes enfoques de los distintos desarrollos. Los parámetros para simulaciones moleculares de macromoléculas biológicas como proteínas , ADN y ARN a menudo se derivaron/transfirieron a partir de observaciones de pequeñas moléculas orgánicas , que son más accesibles para estudios experimentales y cálculos cuánticos.

Los tipos de átomos se definen para diferentes elementos, así como para los mismos elementos en entornos químicos suficientemente diferentes. Por ejemplo, los átomos de oxígeno en agua y los átomos de oxígeno en un grupo funcional carbonilo se clasifican como diferentes tipos de campos de fuerza. [21] Los conjuntos de parámetros de campos de fuerza moleculares típicos incluyen valores para masa atómica , carga atómica , parámetros de Lennard-Jones para cada tipo de átomo, así como valores de equilibrio de longitudes de enlace , ángulos de enlace y ángulos diedros . [27] Los términos enlazados se refieren a pares, tripletes y cuatrillizos de átomos enlazados, e incluyen valores para la constante de resorte efectiva para cada potencial.

Los procedimientos de parametrización de campos de fuerza heurísticos han sido muy exitosos durante muchos años, pero recientemente han sido criticados. [28] [29] ya que generalmente no están completamente automatizados y, por lo tanto, están sujetos a cierta subjetividad de los desarrolladores, lo que también trae problemas con respecto a la reproducibilidad del procedimiento de parametrización.

Entre los esfuerzos por proporcionar códigos y métodos de código abierto se incluyen openMM y openMD. El uso de la semiautomatización o la automatización total, sin el aporte de conocimientos químicos, probablemente aumente las inconsistencias a nivel de cargas atómicas, para la asignación de los parámetros restantes y probablemente diluya la interpretabilidad y el rendimiento de los parámetros.

Bases de datos de campos de fuerza

En las últimas décadas se ha publicado una gran cantidad de campos de fuerza, principalmente en publicaciones científicas. En los últimos años, algunas bases de datos han intentado recopilar, categorizar y poner a disposición digitalmente los campos de fuerza. En este sentido, diferentes bases de datos se centran en diferentes tipos de campos de fuerza. Por ejemplo, la base de datos openKim se centra en las funciones interatómicas que describen las interacciones individuales entre elementos específicos. [30] La base de datos TraPPE se centra en los campos de fuerza transferibles de las moléculas orgánicas (desarrollada por el grupo Siepmann). [31] La base de datos MolMod se centra en los campos de fuerza moleculares e iónicos (tanto específicos de los componentes como transferibles). [5] [32]

Tipos de funciones de transferibilidad y mezcla

Los desarrolladores de potenciales interatómicos han definido formas funcionales y conjuntos de parámetros que presentan grados variables de autoconsistencia y transferibilidad. Cuando las formas funcionales de los términos de potencial varían o se mezclan, los parámetros de una función de potencial interatómico normalmente no se pueden utilizar junto con los de otra función de potencial interatómico. [33] En algunos casos, se pueden realizar modificaciones con un esfuerzo mínimo, por ejemplo, entre potenciales de Lennard-Jones de 9-6 a potenciales de Lennard-Jones de 12-6. [12] Las transferencias de potenciales de Buckingham a potenciales armónicos, o de modelos atómicos integrados a potenciales armónicos, por el contrario, requerirían muchas suposiciones adicionales y podrían no ser posibles.

En muchos casos, los campos de fuerza se pueden combinar de forma sencilla, pero a menudo se requieren especificaciones y suposiciones adicionales.

Limitaciones

Todos los potenciales interatómicos se basan en aproximaciones y datos experimentales, por lo que a menudo se los denomina empíricos . El rendimiento varía desde una mayor precisión que los cálculos de la teoría funcional de la densidad (DFT), con acceso a sistemas y escalas de tiempo millones de veces más grandes, hasta conjeturas aleatorias según el campo de fuerza. [34] El uso de representaciones precisas de enlaces químicos, combinado con datos experimentales reproducibles y validación, puede conducir a potenciales interatómicos duraderos de alta calidad con muchos menos parámetros y suposiciones en comparación con los métodos cuánticos de nivel DFT. [35] [36]

Las posibles limitaciones incluyen las cargas atómicas, también llamadas cargas puntuales. La mayoría de los campos de fuerza dependen de cargas puntuales para reproducir el potencial electrostático alrededor de las moléculas, lo que funciona menos bien para distribuciones de carga anisotrópicas . [37] El remedio es que las cargas puntuales tienen una interpretación clara [26] y se pueden agregar electrones virtuales para capturar características esenciales de la estructura electrónica, como la polarizabilidad adicional en sistemas metálicos para describir el potencial de imagen, los momentos multipolares internos en sistemas π-conjugados y los pares solitarios en el agua. [38] [39] [40] La polarización electrónica del entorno se puede incluir mejor utilizando campos de fuerza polarizables [41] [42] o utilizando una constante dieléctrica macroscópica . Sin embargo, la aplicación de un valor de constante dieléctrica es una aproximación burda en los entornos altamente heterogéneos de proteínas, membranas biológicas, minerales o electrolitos. [43]

Todos los tipos de fuerzas de van der Waals también dependen fuertemente del entorno porque estas fuerzas se originan de interacciones de dipolos inducidos e "instantáneos" (ver Fuerza intermolecular ). La teoría original de Fritz London de estas fuerzas se aplica solo en el vacío. Una teoría más general de las fuerzas de van der Waals en medios condensados ​​fue desarrollada por AD McLachlan en 1963 e incluyó el enfoque original de London como un caso especial. [44] La teoría de McLachlan predice que las atracciones de van der Waals en medios son más débiles que en el vacío y siguen la regla de lo similar disuelve lo similar , lo que significa que diferentes tipos de átomos interactúan más débilmente que los tipos idénticos de átomos. [45] Esto contrasta con las reglas combinatorias o la ecuación de Slater-Kirkwood aplicadas para el desarrollo de los campos de fuerza clásicos. Las reglas combinatorias establecen que la energía de interacción de dos átomos diferentes (por ejemplo, C...N) es un promedio de las energías de interacción de pares de átomos idénticos correspondientes (es decir, C...C y N...N). Según la teoría de McLachlan, las interacciones de partículas en los medios pueden incluso ser completamente repulsivas, como se observa para el helio líquido , [44] sin embargo, la falta de vaporización y la presencia de un punto de congelación contradicen una teoría de interacciones puramente repulsivas. Las mediciones de fuerzas de atracción entre diferentes materiales ( constante de Hamaker ) han sido explicadas por Jacob Israelachvili . [44] Por ejemplo, " la interacción entre hidrocarburos a través del agua es aproximadamente el 10% de la de vacío ". [44] Tales efectos se representan en la dinámica molecular a través de interacciones por pares que son espacialmente más densas en la fase condensada en relación con la fase gaseosa y se reproducen una vez que se validan los parámetros de todas las fases para reproducir el enlace químico, la densidad y la energía cohesiva/superficial.

Las limitaciones se han sentido fuertemente en el refinamiento de la estructura de proteínas. El principal desafío subyacente es el enorme espacio de conformación de las moléculas poliméricas, que crece más allá de la factibilidad computacional actual cuando contiene más de ~20 monómeros. [46] Los participantes en la Evaluación crítica de la predicción de la estructura de proteínas (CASP) no intentaron refinar sus modelos para evitar " un problema central de la mecánica molecular, a saber, que la minimización de la energía o la dinámica molecular generalmente conduce a un modelo que es menos parecido a la estructura experimental ". [47] Los campos de fuerza se han aplicado con éxito para el refinamiento de la estructura de proteínas en diferentes aplicaciones de cristalografía de rayos X y espectroscopia de RMN , especialmente utilizando el programa XPLOR. [48] Sin embargo, el refinamiento está impulsado principalmente por un conjunto de restricciones experimentales y los potenciales interatómicos sirven principalmente para eliminar obstáculos interatómicos. Los resultados de los cálculos fueron prácticamente los mismos con los potenciales de esfera rígida implementados en el programa DYANA [49] (cálculos a partir de datos de RMN), o con programas para el refinamiento cristalográfico que no utilizan funciones de energía en absoluto. Estas deficiencias están relacionadas con los potenciales interatómicos y con la incapacidad de muestrear el espacio de conformación de moléculas grandes de manera efectiva. [50] Por lo tanto, también el desarrollo de parámetros para abordar problemas de gran escala requiere nuevos enfoques. Un área problemática específica es el modelado de homología de proteínas. [51] Mientras tanto, se han desarrollado funciones de puntuación empíricas alternativas para el acoplamiento de ligandos , [52] el plegamiento de proteínas , [53] [54] [55] el refinamiento del modelo de homología, [56] el diseño computacional de proteínas , [57] [58] [59] y el modelado de proteínas en membranas. [60]

También se argumentó que algunos campos de fuerza de proteínas operan con energías que son irrelevantes para el plegamiento de proteínas o la unión de ligandos. [41] Los parámetros de los campos de fuerza de las proteínas reproducen la entalpía de sublimación , es decir, la energía de evaporación de los cristales moleculares. Sin embargo, el plegamiento de proteínas y la unión de ligandos están termodinámicamente más cerca de la cristalización o las transiciones de líquido a sólido, ya que estos procesos representan la congelación de moléculas móviles en medios condensados. [61] [62] [63] Por lo tanto, se espera que los cambios de energía libre durante el plegamiento de proteínas o la unión de ligandos representen una combinación de una energía similar al calor de fusión (energía absorbida durante la fusión de cristales moleculares), una contribución de entropía conformacional y energía libre de solvatación . El calor de fusión es significativamente menor que la entalpía de sublimación. [44] Por lo tanto, los potenciales que describen el plegamiento de proteínas o la unión de ligandos necesitan protocolos de parametrización más consistentes, por ejemplo, como se describe para IFF. De hecho, las energías de los enlaces de hidrógeno en las proteínas son de ~ -1,5 kcal/mol cuando se estiman a partir de datos de ingeniería de proteínas o de transición de hélice alfa a espiral , [64] [65] pero las mismas energías estimadas a partir de la entalpía de sublimación de cristales moleculares fueron de -4 a -6 kcal/mol, [66] lo que está relacionado con la reformación de enlaces de hidrógeno existentes y no con la formación de enlaces de hidrógeno desde cero. Las profundidades de los potenciales de Lennard-Jones modificados derivados de datos de ingeniería de proteínas también fueron menores que en los parámetros de potencial típicos y siguieron la regla de que lo similar se disuelve , como predijo la teoría de McLachlan. [41]

Campos de fuerza disponibles en la literatura

Diferentes campos de fuerza están diseñados para diferentes propósitos:

Clásico

Polarizable

Varios campos de fuerza capturan explícitamente la polarizabilidad , donde la carga efectiva de una partícula puede verse influenciada por interacciones electrostáticas con sus vecinas. Los modelos de núcleo-capa son comunes, y consisten en una partícula de núcleo cargada positivamente, que representa el átomo polarizable, y una partícula cargada negativamente unida al átomo de núcleo a través de un potencial oscilador armónico tipo resorte . [86] [87] [88] Ejemplos recientes incluyen modelos polarizables con electrones virtuales que reproducen cargas de imagen en metales [76] y campos de fuerza biomoleculares polarizables. [89]

Reactivo

De grano grueso

Aprendizaje automático

Agua

El conjunto de parámetros utilizados para modelar el agua o las soluciones acuosas (básicamente un campo de fuerza para el agua) se denomina modelo de agua . Se han propuesto muchos modelos de agua; [5] algunos ejemplos son TIP3P, TIP4P, [2] SPC, modelo de agua de carga puntual simple flexible (SPC flexible), ST2 y mW. [130] Otros solventes y métodos de representación de solventes también se aplican dentro de la química y la física computacionales; estos se denominan modelos de solventes .

Aminoácidos modificados

Otro

Véase también

Referencias

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