La mecánica de coordenadas internas ( ICM ) es un programa de software y un algoritmo para predecir conformaciones de moléculas de baja energía mediante el muestreo del espacio de coordenadas internas ( longitudes de enlace , ángulos de enlace y ángulos diédricos ) que definen la geometría molecular . En ICM, cada molécula se construye como un árbol a partir de un átomo de entrada donde cada átomo siguiente se construye iterativamente a partir de los tres átomos anteriores mediante tres variables internas. Los anillos se mantuvieron rígidos o se impusieron mediante restricciones adicionales. ICM se utiliza para modelar péptidos e interacciones con sustratos y coenzimas . [1]
ICM también es un entorno de programación para diversas tareas en química computacional y biología estructural computacional , análisis de secuencias y diseño racional de fármacos . El objetivo original era desarrollar algoritmos para la optimización energética de varios biopolímeros con respecto a un subconjunto arbitrario de coordenadas internas , como longitudes de enlace, ángulos de torsión de enlace y ángulos de fase. El método de optimización global eficiente y general que evolucionó a partir del método ICM original sigue siendo la pieza central del programa. Es este algoritmo básico el que se utiliza para la predicción de péptidos, modelado de homología y simulaciones de bucles, acoplamiento macromolecular flexible y refinamiento energético. Sin embargo, la complejidad de los problemas relacionados con la predicción y el análisis de estructuras, así como el deseo de perfección, compacidad y coherencia, llevaron a la expansión del programa a áreas vecinas como gráficos, química, análisis de secuencias y búsquedas en bases de datos, matemáticas , estadística y trazado.
El significado original se volvió demasiado limitado, pero el nombre se mantuvo. El shell ICM integrado actual contiene cientos de variables, funciones, comandos, bases de datos y herramientas web, algoritmos novedosos para la predicción y análisis de estructuras en un programa potente pero compacto que todavía se llama ICM. Las siete áreas principales se centran en un núcleo general de lenguaje shell y análisis y visualización de datos.