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Dendrograma

Dendrograma de una agrupación jerárquica (UPGMA) con la altura de los nodos (adaptado de datos de secuencia de ARNr 5S bacteriano [1] ).
Salida de dendrograma para agrupación jerárquica de provincias marinas utilizando la presencia/ausencia de especies de esponjas. [2]
Un dendograma del Árbol de la Vida . Este árbol filogenético está adaptado de Woese et al. Análisis de ARNr. [3] La línea vertical en la parte inferior representa el último ancestro común universal (LUCA).
Mapa de calor de datos de RNA-Seq que muestra dos dendrogramas en los márgenes izquierdo y superior.

Un dendrograma es un diagrama que representa un árbol . Esta representación esquemática se utiliza frecuentemente en diferentes contextos:

El nombre dendrograma deriva de las dos palabras griegas antiguas δένδρον ( déndron ), que significa "árbol", y γράμμα ( grámma ), que significa "dibujo, figura matemática". [7] [8]

Ejemplo de agrupación

Como ejemplo de agrupación, supongamos que UPGMA ha agrupado cinco taxones ( a ) en función de una matriz de distancias genéticas . El dendrograma de agrupamiento jerárquico mostraría una columna de cinco nodos que representan los datos iniciales (aquí taxones individuales), y los nodos restantes representan los grupos a los que pertenecen los datos, con las flechas representando la distancia (disimilitud). La distancia entre los grupos fusionados es monótona y aumenta con el nivel de la fusión: la altura de cada nodo en el gráfico es proporcional al valor de la disimilitud intergrupal entre sus dos hijos (los nodos de la derecha representan observaciones individuales, todos trazados en cero). altura).

Ver también

Referencias

Citas

  1. ^ Swofford DL, Olsen GJ, Waddell PJ, Hillis DM (1996). "Inferencia filogenética". En Hillis DM, Moritz C, Mable BK (eds.). Sistemática Molecular, 2ª edición . Sunderland, MA: Sinauer. págs. 407–514. ISBN 9780878932825.
  2. ^ Van Soest R, Boury-Esnault N, Vacelet J, Dohrmann M, Erpenbeck D, De Voogd N, Santodomingo N, Vanhoorne B, Kelly M, Hooper J (2012). "Diversidad global de esponjas (Porifera)". MÁS UNO . 7 (4): e35105. Código Bib : 2012PLoSO...735105V. doi : 10.1371/journal.pone.0035105 . PMC 3338747 . PMID  22558119. 
  3. ^ Woese, Carl R .; Kandler, O ; Wheelis, M (1990). "Hacia un sistema natural de organismos: propuesta para los dominios Archaea, Bacteria y Eucarya" (PDF) . Proc Natl Acad Sci Estados Unidos . 87 (12): 4576–4579. Código bibliográfico : 1990PNAS...87.4576W. doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159 . PMID  2112744. 
  4. ^ Everitt, Brian (1998). Diccionario de Estadística . Cambridge, Reino Unido: Cambridge University Press. pag. 96.ISBN​ 0-521-59346-8.
  5. ^ Wilkinson, Leland; Amistoso, Michael (mayo de 2009). "La historia del mapa de calor de los cúmulos". El estadístico estadounidense . 63 (2): 179–184. CiteSeerX 10.1.1.165.7924 . doi :10.1198/tas.2009.0033. S2CID  122792460. 
  6. ^ "Árbol filogenético (biología)". Enciclopedia Británica . Consultado el 22 de octubre de 2018 .
  7. ^ Bailly, Anatole (1 de enero de 1981). Abrégé du dictionnaire grec français . París: Hachette. ISBN 2010035283. OCLC  461974285.
  8. ^ Bailly, Anatole. "Diccionario griego-francés en línea". www.tabularium.be . Consultado el 20 de octubre de 2018 .

Fuentes

enlaces externos