Artículos sobre biocuración en PubMed por año desde la primera mención en 2006 hasta finales de 2022.
Un biocurador es un científico profesional que cura , recopila, anota y valida información que se difunde mediante bases de datos biológicas y de organismos modelo . [3] [4] Es una profesión nueva, con las primeras menciones en la literatura científica que datan de 2006 en el contexto del trabajo en bases de datos como la Base de Datos de Epítopos Inmunes y el Recurso de Análisis . [5] [6] Los biocuradores generalmente tienen un nivel de doctorado con una combinación de experiencias en laboratorio húmedo y representaciones computacionales del conocimiento (por ejemplo, a través de ontologías ). [7]
El papel de un biocurador abarca el control de calidad de los datos primarios de investigación biológica destinados a su publicación, la extracción y organización de datos de la literatura científica original y la descripción de los datos con protocolos de anotación y vocabularios estándar que permiten consultas potentes e interoperabilidad de bases de datos biológicas . Los biocuradores se comunican con los investigadores para garantizar la precisión de la información seleccionada y fomentar el intercambio de datos con los laboratorios de investigación. [6]
Los biocuradores están presentes en diversos entornos de investigación, pero no siempre se identifican como tales. Proyectos como ELIXIR (la Infraestructura Europea de Ciencias de la Vida para la Información Biológica) y GOBLET (Organización Mundial para el Aprendizaje, la Educación y la Formación en Bioinformática) [8] promueven la formación y apoyan la biocuración como una carrera profesional. [9] [10]
En 2011, la biocuración ya estaba reconocida como una profesión, pero no existían cursos de grado formales para preparar a los curadores para datos biológicos de manera específica. [11] Con el crecimiento del campo, la Universidad de Cambridge y el EMBL-EBI comenzaron a ofrecer conjuntamente un Certificado de Postgrado en Biocuración, [12] considerado como un paso hacia el reconocimiento de la biocuración como una disciplina en sí misma. [13] Se percibe un aumento en la demanda de biocuración y una necesidad de capacitación adicional en biocuración por parte de los programas de posgrado . [14]
Las organizaciones que emplean biocuradores, como Clinical Genome Resource (ClinGen), a menudo proporcionan materiales especializados y capacitación para la biocuración. [15]
Bases de conocimiento biológico
El papel de los biocuradores es más conocido en el campo de las bases de conocimiento biológicas . Dichas bases de datos, como UniProt [16] y PDB [17], dependen de biocuradores profesionales para organizar la información. Entre otras cosas, los biocuradores trabajan para mejorar la calidad de los datos, por ejemplo, fusionando entradas duplicadas. [18]
Una parte importante de esas bases de conocimiento son las bases de datos de organismos modelo , que dependen de biocuradores para conservar información sobre organismos de tipos particulares. Algunos ejemplos notables de bases de datos de organismos modelo son FlyBase , [19] PomBase , [20] y ZFIN , [21] dedicadas a conservar información sobre Drosophila , Schizosaccharomyces pombe y pez cebra respectivamente.
Curación y anotación
La biocuración es la integración de información biológica en bases de datos en línea de una manera semánticamente estandarizada, utilizando identificadores únicos y rastreables apropiados y proporcionando los metadatos necesarios, incluida la fuente y la procedencia.
Ontologías, vocabularios controlados y nombres estándar
El Sistema Unificado de Lenguaje Médico es uno de esos sistemas que integra y distribuye millones de términos utilizados en el ámbito de las ciencias de la vida. [23]
Los biocuradores hacen cumplir el uso consistente de las pautas de nomenclatura genética y participan en los comités de nomenclatura genética de varios organismos modelo , a menudo en colaboración con el Comité de Nomenclatura Genética de HUGO (HGNC). También hacen cumplir otras pautas de nomenclatura como las proporcionadas por el Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular (IUBMB), un ejemplo de las cuales es el número EC de la Comisión de Enzimas .
En la anotación genómica , por ejemplo, los identificadores definidos por los ontólogos y los consorcios se utilizan para describir partes del genoma. Por ejemplo, la ontología genética (OG) selecciona términos para procesos biológicos, que se utilizan para describir lo que sabemos sobre genes específicos .
Anotaciones de un texto biomédico en la plataforma SciLite de Europe PMC
Anotación de texto
En 2021, la comunicación en el campo de las ciencias de la vida todavía se realiza principalmente a través de lenguajes naturales libres, como el inglés o el alemán , que tienen un grado de ambigüedad y dificultan la conexión de conocimientos. Por eso, además de anotar secuencias biológicas, los biocuradores también anotan textos, vinculando palabras a identificadores únicos. Esto ayuda a desambiguar, aclarar el significado pretendido y hacer que los textos sean procesables por computadoras. Una aplicación de la anotación de texto es especificar el gen exacto al que se refiere un científico. [25]
Las anotaciones de texto disponibles públicamente permiten a los biólogos sacar más partido a los textos biomédicos. El PMC de Europa tiene una interfaz de programación de aplicaciones que centraliza las anotaciones de texto de una variedad de fuentes y las pone a disposición en una interfaz gráfica de usuario llamada SciLite. [26] PubTator Central también proporciona anotaciones, pero se basa completamente en la minería de textos computarizada y no proporciona una interfaz de usuario. [27] También hay programas que permiten a los usuarios anotar manualmente los textos biomédicos que les interesan, como el sistema ezTag. [28]
Curación de variantes
Un tipo de biocuración dentro del campo de la genética médica , la curación de variantes es un proceso para la evaluación de cambios genéticos según la probabilidad de que puedan causar enfermedades. [29] Este es un proceso basado en evidencia que utiliza datos de una multitud de fuentes. Estas fuentes pueden incluir datos de población, datos computacionales, datos funcionales, datos de segregación , datos de novo , datos alélicos , entre otros. [30] Es un proceso colaborativo que se puede automatizar, sin embargo, la curación manual se considera el estándar de oro. [31]
No existe un único proceso estandarizado de curación de variantes; diferentes investigadores y organizaciones utilizan diferentes procesos de curación de variantes. [29] Sin embargo, el Colegio Americano de Genética Médica y la Asociación de Patología Molecular han desarrollado conjuntamente un conjunto de estándares y pautas aceptados internacionalmente [32] para la interpretación de variantes genéticas . [30] Estas se conocen como pautas ACMG/AMP. Estas pautas proporcionan un marco para clasificar las variantes genéticas como "patógenas", "probablemente patógenas", "significado incierto", "probablemente benignas" o "benignas", en orden desde la más probable de causar enfermedad hasta la menos probable de causar enfermedad. Las pautas también enumeran varios niveles de evidencia que van desde muy fuerte, fuerte, moderado o de apoyo. [33] La combinación de tipos de evidencia encontrados y los niveles en los que existen esas piezas de evidencia permiten clasificar cada variante a lo largo de la escala de "patógena" a "benigna". [32]
Sociedad Internacional de Biocuración (ISB)
La Sociedad Internacional de Biocuración (ISB) es una organización sin fines de lucro que "promueve el campo de la biocuración y ofrece un foro para el intercambio de información a través de reuniones y talleres". Surgió a partir de las Conferencias Internacionales de Biocuración y se fundó a principios de 2009. [4]
La ISB ofrece el Premio a la Carrera de Biocuración a los biocuradores de la comunidad: el Premio a la Carrera de Biocurador (que se otorga anualmente) y el Premio ISB a las Contribuciones Excepcionales a la Biocuración (que se otorga semestralmente).
La revista oficial de la ISB, Database , es un medio especializado en artículos sobre bases de datos y biocuración. [34]
Curación comunitaria
Tradicionalmente, la biocuración ha sido realizada por expertos dedicados, que integran los datos en bases de datos. La curación comunitaria ha surgido como un enfoque prometedor para mejorar la difusión del conocimiento a partir de los datos publicados y proporcionar una forma rentable de mejorar la escalabilidad de la biocuración. En algunos casos, la ayuda de la comunidad se aprovecha en jamborees que introducen a expertos en el dominio a las tareas de curación, que se llevan a cabo durante el evento, [35] mientras que otros dependen de contribuciones asincrónicas de expertos y no expertos. [36]
Varias bases de datos biológicas incluyen contribuciones de los autores en su estrategia de curación funcional hasta cierto punto, que puede ir desde asociar identificadores genéticos con publicaciones o texto libre, hasta una anotación más estructurada y detallada de secuencias y datos funcionales, lo que da como resultado una curación con los mismos estándares que los biocuradores profesionales. La mayor parte de la curación comunitaria en las bases de datos de organismos modelo implica la anotación por parte de los autores originales de investigaciones publicadas (anotación de primer paso) para obtener de manera eficaz identificadores precisos para los objetos que se curarán o identificar tipos de datos para una curación detallada. Por ejemplo:
WormBase solicita con éxito anotaciones de primer paso de los usuarios y ha integrado la curación de autores con el proceso de micropublicación. [38] WormBase también integra minería de texto a su plataforma, brindando sugerencias a los curadores de la comunidad. [37]
FlyBase envía solicitudes por correo electrónico a los autores de nuevas publicaciones, [39] invitándolos a enumerar los genes y los tipos de datos descritos a través de una herramienta en línea y también ha movilizado a la comunidad para escribir párrafos de resumen de genes. [40]
Otras bases de datos, como PomBase , dependen de que los autores de las publicaciones envíen anotaciones altamente detalladas basadas en ontología para sus publicaciones y metadatos asociados con conjuntos de datos de todo el genoma utilizando vocabularios controlados. Se desarrolló una herramienta basada en la web Canto [41] para facilitar las presentaciones de la comunidad. Dado que Canto está disponible de forma gratuita, es genérico y altamente configurable, otros proyectos lo han adoptado [42]. La curación está sujeta a revisión por parte de curadores profesionales, lo que da como resultado una curación en profundidad de alta calidad de todos los tipos de datos moleculares [43] .
La base de conocimiento UniProt, ampliamente utilizada , también tiene un mecanismo de curación comunitaria que permite a los investigadores agregar información sobre las proteínas. [44]
Recursos de estilo wiki
Las biowikis dependen de sus comunidades para proporcionar contenido y hay una serie de recursos de estilo wiki disponibles para la biocuración. [45] [46] AuthorReward , [47] por ejemplo, es una extensión de MediaWiki que cuantifica las contribuciones de los investigadores a las wikis de biología. RiceWiki fue un ejemplo de una base de datos basada en wiki para la curación comunitaria de genes de arroz equipada con AuthorReward . [48] [49] CAZypedia es otra wiki de este tipo para la biocuración comunitaria de información sobre enzimas activas en carbohidratos (CAZys). [50]
WikiProteins /WikiProfessional fue un proyecto para organizar semánticamente datos biológicos liderado por Barend Mons . [51] [52] El proyecto de 2007 contó con contribuciones directas de Jimmy Wales , cofundador de Wikipedia, y tomó a Wikidata como inspiración. [51] Un proyecto actualmente activo que se ejecuta en una adaptación del software mediawiki es WikiPathways , que obtiene información de fuentes colectivas sobre vías biológicas . [53]
Wikipedia
Existe cierta superposición entre el trabajo de los biocuradores y Wikipedia , y los límites entre las bases de datos científicas y Wikipedia se están volviendo cada vez más difusos. [54] [46] [55] Bases de datos como Rfam [56] [57] y Protein Data Bank [58], por ejemplo, hacen un uso intensivo de Wikipedia y sus editores para curar información. [59] [60] Sin embargo, la mayoría de las bases de datos ofrecen datos altamente estructurados que se pueden buscar en combinaciones complejas, lo que generalmente no es posible en Wikipedia, aunque Wikidata tiene como objetivo resolver este problema hasta cierto punto.
El proyecto Gene Wiki utilizó Wikipedia para la curación colaborativa de miles de genes y productos genéticos, como la titina y la insulina . [61] Varios proyectos también emplean Wikipedia como plataforma para la curación de información médica. [36]
La base de conocimiento Wikimedia Wikidata es cada vez más utilizada por la comunidad de biocuración como un repositorio integrador en las ciencias de la vida. [63] Algunos consideran que Wikidata es una alternativa con mejores perspectivas de mantenimiento e interoperabilidad que las bases de conocimiento biológico independientes más pequeñas. [64] [65]
Wikidata se ha utilizado para conservar información sobre el SARS-CoV-2 y la pandemia de COVID-19 [66] [67] y por el proyecto Gene Wiki para conservar información sobre genes . [68] Los datos de biocuración en Wikidata se reutilizan en recursos externos a través de consultas SPARQL . [69] Algunos proyectos utilizan la curación a través de Wikidata como una vía para mejorar la información sobre ciencias de la vida en Wikipedia. [70]
Recursos gamificados
Una forma de involucrar a la multitud en la biocuración es a través de plataformas gamificadas que utilizan principios de diseño de juegos para impulsar la participación. Algunos ejemplos son:
Mark2Cure, una plataforma gamificada para la curación comunitaria de resúmenes biomédicos [71] [72] [73]
Cochrane Crowd, [74] una plataforma de Cochrane para la curación de ensayos clínicos y para categorizar y resumir la literatura biomédica. [75]
CIViC, un portal para la anotación de variantes genómicas relacionadas con el cáncer [76] que rastrea puntuaciones y mantiene tablas de clasificación. [77]
APICURON, una base de datos para acreditar y reconocer el trabajo de los biocuradores, que recopila y agrega eventos de biocuración de recursos de terceros y genera logros y tablas de clasificación. [78]
Minería de texto computacional para la curación
Ejemplo de extracción de un enunciado biomédico a partir de un lenguaje no estructurado [79]
Las tecnologías de procesamiento de lenguaje natural y minería de texto pueden ayudar a los biocuradores a extraer información para la curación manual. [80] La minería de texto puede escalar los esfuerzos de curación, apoyando la identificación de nombres de genes, por ejemplo, así como para inferir parcialmente ontologías . [81] [82] La conversión de afirmaciones no estructuradas a información estructurada hace uso de técnicas como el reconocimiento de entidades nombradas y el análisis de dependencias. [83] La minería de texto de conceptos biomédicos enfrenta desafíos relacionados con las variaciones en los informes, y la comunidad está trabajando para aumentar la legibilidad de los artículos por máquina. [84]
Durante la pandemia de COVID-19 , la minería de textos biomédicos se utilizó ampliamente para hacer frente a la gran cantidad de investigaciones científicas publicadas sobre el tema (más de 50.000 artículos). [85]
Entre los desafíos para la minería de textos aplicada a la biocuración está la dificultad de acceder a los textos completos de los artículos biomédicos debido al muro de pago, lo que vincula los desafíos de la biocuración con los del movimiento de acceso abierto . [87]
Un enfoque complementario a la biocuración mediante minería de texto implica aplicar el reconocimiento óptico de caracteres a las figuras biomédicas, junto con algoritmos de anotación automática. Esto se ha utilizado para extraer información genética de las figuras de vías , por ejemplo. [88]
Las sugerencias para mejorar el texto escrito y facilitar las anotaciones van desde el uso de lenguajes naturales controlados [89] hasta proporcionar una asociación clara de conceptos (como genes y proteínas ) con las especies particulares de interés. [89]
Si bien aún existen desafíos, la minería de texto ya es una parte integral del flujo de trabajo de biocuración en varias bases de conocimiento biológico . [90]
Desafíos biocreativos
El desafío BioCreAtivE (Critical Assessment of Information Extraction systems in Biology) es un esfuerzo de toda la comunidad para desarrollar y evaluar sistemas de minería de texto y extracción de información para las ciencias de la vida. El desafío se lanzó por primera vez en 2004 y desde entonces se ha convertido en un evento importante en las comunidades de biocuración y bioinformática. [91] El objetivo principal del desafío es fomentar el desarrollo de herramientas computacionales avanzadas que puedan extraer información de manera efectiva de la gran cantidad de datos biológicos disponibles.
Proceso típico para la curación biológica [91]
El BioCreative Challenge está organizado en varias subtareas que cubren varios aspectos de la minería de texto y la extracción de información en las ciencias de la vida. Estas subtareas incluyen la normalización de genes, la extracción de relaciones, el reconocimiento de entidades y la clasificación de documentos. A los participantes del desafío se les proporciona un conjunto de datos anotados para desarrollar y probar sus sistemas, y su desempeño se evalúa en función de varias métricas, como la precisión, la recuperación y la puntuación F. [91]
El BioCreative Challenge ha llevado al desarrollo de muchos sistemas innovadores de minería de texto y extracción de información que han mejorado enormemente la eficiencia y precisión de los esfuerzos de biocuración. Estos sistemas se han integrado en muchos procesos de biocuración y han ayudado a acelerar el proceso de curación y mejorar la calidad de los datos curados.
^ ab "¿Qué es la biocuración? | Sociedad Internacional de Biocuración". www.biocuration.org . Consultado el 6 de septiembre de 2020 .
^ Howe D, Costanzo M, Fey P, Gojobori T, Hannick L, Hide W, et al. (septiembre de 2008). "Big data: el futuro de la biocuración". Nature . 455 (7209): 47–50. Bibcode :2008Natur.455...47H. doi :10.1038/455047a. PMC 2819144 . PMID 18769432.
^ Burge S, Attwood TK, Bateman A, Berardini TZ, Cherry M, O'Donovan C, et al. (20 de marzo de 2012). "Biocuradores y biocuración: un estudio de los desafíos del siglo XXI". Base de datos . 2012 : bar059. doi :10.1093/database/bar059. PMC 3308150 . PMID 22434828.
^ ab Bateman A (abril de 2010). "Curadores del mundo, uníos: la Sociedad Internacional de Biocuración". Bioinformática . 26 (8): 991. doi : 10.1093/bioinformatics/btq101 . PMID 20305270.
^ Bourne PE, McEntyre J (octubre de 2006). "Biocuradores: contribuyentes al mundo de la ciencia". PLOS Computational Biology . 2 (10): e142. Bibcode :2006PLSCB...2..142B. doi : 10.1371/journal.pcbi.0020142 . PMC 1626157 . PMID 17411327.
^ ab Salimi N, Vita R (octubre de 2006). "El biocurador: conectando y mejorando los datos científicos". PLOS Computational Biology . 2 (10): e125. Bibcode :2006PLSCB...2..125S. doi : 10.1371/journal.pcbi.0020125 . PMC 1626147 . PMID 17069454.
^ Biocuración, Sociedad Internacional para (16 de abril de 2018). "Biocuración: destilando datos para transformarlos en conocimiento". PLOS Biology . 16 (4): e2002846. doi : 10.1371/JOURNAL.PBIO.2002846 . PMC 5919672 . PMID 29659566.
^ "GOBLET | La Organización Mundial para el Aprendizaje, la Educación y la Capacitación en Bioinformática" . Consultado el 19 de diciembre de 2020 .
^ Alexandra Holinski; Melissa Burke; Sarah L Morgan; Peter McQuilton; Patricia M. Palagi (4 de septiembre de 2020). "Biocuración: mapeo de recursos y necesidades". F1000Research . 9 : 1094. doi : 10.12688/F1000RESEARCH.25413.1 . ISSN 2046-1402. PMC 7590901 . PMID 33145007. Wikidata Q101217428.
^ EMBL-EBI. "Biocuración | Formación EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk . Consultado el 6 de mayo de 2022 .
^ Sanderson, Katharine (febrero de 2011). "Bioinformática: generación de curación". Nature . 470 (7333): 295–296. doi : 10.1038/nj7333-295a . ISSN 1476-4687. PMID 21348148.
^ Anónimo (30 de octubre de 2019). «Postgraduate Certificate in Biocuration» (Certificado de posgrado en biocuración). www.ice.cam.ac.uk. Consultado el 6 de octubre de 2020 .
^ Tang YA, Pichler K, Füllgrabe A, Lomax J, Malone J, Munoz-Torres MC, et al. (mayo de 2019). "Diez consejos rápidos para la biocuración". PLOS Computational Biology . 15 (5): e1006906. Bibcode :2019PLSCB..15E6906T. doi : 10.1371/journal.pcbi.1006906 . PMC 6497217 . PMID 31048830.
^ Harper, Lisa; Campbell, Jacqueline D.; Cannon, Ethalinda KS; Jung, Sook; Poelchau, Monica F.; Walls, Ramona L.; Andorf, Carson M.; Arnaud, Elizabeth; Berardini, Tanya Z.; Birkett, Clayton; Cannon, Steve (1 de enero de 2018). "Recomendaciones del consorcio AgBioData para bases de datos de genómica y genética sostenibles para la agricultura". Base de datos . 2018 : 1–32. doi :10.1093/DATABASE/BAY088. PMC 6146126 . PMID 30239679.
^ "Biocurator - ClinGen | Clinical Genome Resource" (Biocurator - ClinGen | Recurso sobre genoma clínico). www.clinicalgenome.org . Consultado el 26 de mayo de 2021 .
^ "UniProt: la base de conocimiento universal sobre proteínas". Investigación en ácidos nucleicos . 45 (D1): D158–D169. 2016-11-29. doi :10.1093/nar/gkw1099. ISSN 0305-1048. PMC 5210571 . PMID 27899622.
^ Berman, Helen M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, TN; Weissig, H.; Shindyalov, Ilya; Bourne, Philip (1 de enero de 2000). "El banco de datos de proteínas". Investigación de ácidos nucleicos . 28 (1): 235–242. doi :10.1093/NAR/28.1.235. PMC 102472 . PMID 10592235.
^ Chen, Qingyu; Britto, Ramona; Erill, Ivan; Jeffery, Constance J .; Liberzon, Arthur; Magrane, Michele; Onami, Jun-Ichi; Robinson-Rechavi, Marc; Sponarova, Jana; Zobel, Justin; Verspoor, Karin (8 de julio de 2020). "La calidad importa: expertos en biocuración sobre el impacto de la duplicación y otros problemas de calidad de datos en bases de datos biológicas". Genómica, proteómica y bioinformática . 18 (2): 91–103. doi :10.1016/J.GPB.2018.11.006. PMC 7646089 . PMID 32652120.
^ Flybase, Consorcio (1 de enero de 1998). "FlyBase: una base de datos de Drosophila. Consorcio Flybase". Investigación de ácidos nucleicos . 26 (1): 85–88. doi :10.1093/nar/26.1.85. ISSN 1362-4962. PMC 147222 . PMID 9399806.
^ Lock, Antonia; Rutherford, Kim; Harris, Midori A; Hayles, Jacqueline; Oliver, Stephen G; Bähler, Jürg; Wood, Valerie (13 de octubre de 2018). "PomBase 2018: la reimplementación impulsada por el usuario de la base de datos de levadura de fisión proporciona acceso rápido e intuitivo a información diversa e interconectada". Investigación de ácidos nucleicos . 47 (D1): D821–D827. doi :10.1093/nar/gky961. ISSN 0305-1048. PMC 6324063 . PMID 30321395.
^ Ruzicka, Leyla; Howe, Douglas G.; Ramachandran, Sridhar; Toro, Sabrina; Slyke, Ceri E. Van; Bradford, Yvonne M.; Eagle, Anne; Fashena, David; Frazer, Ken; Kalita, Patrick; Mani, Prita (1 de enero de 2019). "La red de información del pez cebra: nuevo soporte para genes no codificantes, anotaciones de ontología genética más ricas y la Alianza de recursos genómicos". Investigación de ácidos nucleicos . 47 (D1): D867–D873. doi :10.1093/NAR/GKY1090. PMC 6323962 . PMID 30407545.
^ Malone J, Stevens R, Jupp S, Hancocks T, Parkinson H, Brooksbank C (febrero de 2016). "Diez reglas simples para seleccionar una bioontología". PLOS Computational Biology . 12 (2): e1004743. Bibcode :2016PLSCB..12E4743M. doi : 10.1371/journal.pcbi.1004743 . PMC 4750991 . PMID 26867217.
^ Bodenreider O (enero de 2004). "El sistema de lenguaje médico unificado (UMLS): integración de la terminología biomédica". Nucleic Acids Research . 32 (número de la base de datos): D267-70. doi :10.1093/nar/gkh061. PMC 308795 . PMID 14681409.
^ McMurry JA, Juty N, Blomberg N, Burdett T, Conlin T, Conte N, et al. (junio de 2017). "Identificadores para el siglo XXI: cómo diseñar, proporcionar y reutilizar identificadores persistentes para maximizar la utilidad y el impacto de los datos de las ciencias biológicas". PLOS Biology . 15 (6): e2001414. doi : 10.1371/journal.pbio.2001414 . PMC 5490878 . PMID 28662064.
^ Mons B (junio de 2005). "¿A qué gen se refería?". BMC Bioinformatics . 6 (1): 142. doi : 10.1186/1471-2105-6-142 . PMC 1173089 . PMID 15941477.
^ Venkatesan A, Kim JH, Talo F, Ide-Smith M, Gobeill J, Carter J, et al. (12 de diciembre de 2016). "SciLite: una plataforma para mostrar anotaciones extraídas de texto como un medio para vincular artículos de investigación con datos biológicos". Wellcome Open Research . 1 : 25. doi : 10.12688/wellcomeopenres.10210.1 . PMC 5527546 . PMID 28948232.
^ Wei CH, Allot A, Leaman R, Lu Z (julio de 2019). "PubTator central: anotación automatizada de conceptos para artículos biomédicos de texto completo". Nucleic Acids Research . 47 (W1): W587–W593. doi :10.1093/nar/gkz389. PMC 6602571 . PMID 31114887.
^ Kwon D, Kim S, Wei CH, Leaman R, Lu Z (julio de 2018). "ezTag: etiquetado de conceptos biomédicos mediante aprendizaje interactivo". Nucleic Acids Research . 46 (W1): W523–W529. doi :10.1093/nar/gky428. PMC 6030907 . PMID 29788413.
^ ab Manotas, María Carolina; Rivera, Ana Lucia; Sanabria-Salas, María Carolina (2023-03-10). "Curación e interpretación de variantes en genes de cáncer hereditario: una experiencia institucional en América Latina". Genética molecular y medicina genómica . 11 (5): e2141. doi :10.1002/mgg3.2141. ISSN 2324-9269. PMC 10178801 . PMID 36905130.
^ ab Richards, Sue; Aziz, Nazneen; Bale, Sherri; Bick, David; Das, Soma; Gastier-Foster, Julie; Grody, Wayne W.; Hegde, Madhuri; Lyon, Elaine; Spector, Elaine; Voelkerding, Karl; Rehm, Heidi L.; Comité de Garantía de Calidad del Laboratorio de la ACMG (mayo de 2015). "Estándares y pautas para la interpretación de variantes de secuencia: una recomendación de consenso conjunta del Colegio Americano de Genética Médica y Genómica y la Asociación de Patología Molecular". Genética en Medicina . 17 (5): 405–424. doi :10.1038/gim.2015.30. ISSN 1530-0366. PMC 4544753 . PMID 25741868.
^ Pandey, Kapil Raj; Maden, Narendra; Poudel, Barsha; Pradhananga, Sailendra; Sharma, Amit Kumar (diciembre de 2012). "La curación de variantes genéticas: dificultades y posibles soluciones". Genómica, proteómica y bioinformática . 10 (6): 317–325. doi :10.1016/j.gpb.2012.06.006. ISSN 1672-0229. PMC 5054708 . PMID 23317699.
^ ab "Empresa de pruebas genéticas para enfermedades raras | 3billion". 3billion.io . Consultado el 18 de mayo de 2024 .
^ "Directrices de mejores prácticas de la ACGS para la clasificación de variantes en enfermedades raras 2024" (PDF) . The Association for Clinical Genomic Science . Consultado el 18 de mayo de 2024 .
^ Landsman, D.; Gentleman, R.; Kelso, J.; Francis Ouellette, BF (5 de enero de 2010). "BASE DE DATOS: Un nuevo foro para bases de datos biológicas y curación". Base de datos . 2009 : bap002. doi :10.1093/database/bap002. ISSN 1758-0463. PMC 2790300 . PMID 20157475.
^ Naithani, Sushma; Gupta, Parul; Preece, Justin; Garg, Priyanka; Fraser, Valerie; Padgitt-Cobb, Lillian K; Martin, Matthew; Vining, Kelly; Jaiswal, Pankaj (1 de enero de 2019). "Involucrar a la comunidad en la curación de genes y vías". Base de datos . 2019 . doi :10.1093/database/bay146. ISSN 1758-0463. PMC 6334007 . PMID 30649295.
^ por Denise A. Smith (18 de febrero de 2020). Stefano Triberti (ed.). "Situar Wikipedia como un recurso de información de salud en varios contextos: una revisión de alcance". PLOS One . 15 (2): e0228786. doi : 10.1371/JOURNAL.PONE.0228786 . ISSN 1932-6203. PMC 7028268 . PMID 32069322. Wikidata Q85632863.
^ ab Arnaboldi V, Raciti D, Van Auken K, Chan JN, Müller HM, Sternberg PW (enero de 2020). "La minería de texto se une a la curación comunitaria: una plataforma de curación recientemente diseñada para mejorar la experiencia y la participación de los autores en WormBase". Base de datos . 2020 . doi :10.1093/database/baaa006. PMC 7078066 . PMID 32185395. S2CID 212750405.
^ Lee RY, Howe KL, Harris TW, Arnaboldi V, Cain S, Chan J, et al. (enero de 2018). "WormBase 2017: mudando hacia una nueva etapa". Investigación de ácidos nucleicos . 46 (D1): D869–D874. doi :10.1093/nar/gkx998. PMC 5753391 . PMID 29069413.
^ Bunt SM, Grumbling GB, Field HI, Marygold SJ, Brown NH, Millburn GH (2012). "Enviar correos electrónicos directamente a los autores de artículos recién publicados fomenta la curación comunitaria". Base de datos . 2012 : bas024. doi :10.1093/database/bas024. PMC 3342516 . PMID 22554788.
^ Antonazzo G, Urbano JM, Marygold SJ, Millburn GH, Brown NH (enero de 2020). "Construcción de un canal para solicitar conocimiento experto de la comunidad para ayudar a la curación de resúmenes genéticos". Base de datos . 2020 . doi :10.1093/database/baz152. PMC 6971343 . PMID 31960022.
^ Rutherford KM, Harris MA, Lock A, Oliver SG, Wood V (junio de 2014). "Canto: una herramienta en línea para la curación de literatura comunitaria". Bioinformática . 30 (12): 1791–2. doi :10.1093/bioinformatics/btu103. PMC 4058955 . PMID 24574118.
^ "pombase/canto". PomBase. 25 de septiembre de 2020.
^ Lock A, Harris MA, Rutherford K, Hayles J, Wood V (enero de 2020). "Curación comunitaria en PomBase: permite a los expertos en levadura de fisión proporcionar anotaciones detalladas, estandarizadas y compartibles a partir de publicaciones de investigación". Base de datos . 2020 . doi :10.1093/database/baaa028. PMC 7192550 . PMID 32353878.
^ "UniProt: la base de conocimiento universal sobre proteínas". Investigación en ácidos nucleicos . 45 (D1): D158–D169. 2016-11-29. doi : 10.1093/nar/gkw1099 . ISSN 0305-1048. PMC 5210571 . PMID 27899622.
^ Khare, Ritu; Good, Benjamin M.; Leaman, Robert; Su, Andrew I.; Lu, Zhiyong (1 de enero de 2016). "Crowdsourcing en biomedicina: desafíos y oportunidades". Briefings in Bioinformatics . 17 (1): 23–32. doi :10.1093/BIB/BBV021. PMC 4719068 . PMID 25888696.
^ ab Finn RD, Gardner PP, Bateman A (enero de 2012). "Hacer que su base de datos esté disponible a través de Wikipedia: pros y contras". Nucleic Acids Research . 40 (número de base de datos): D9-12. doi :10.1093/nar/gkr1195. PMC 3245093 . PMID 22144683.
^ Dai L, Tian M, Wu J, Xiao J, Wang X, Townsend JP, Zhang Z (julio de 2013). "AuthorReward: aumento de la curación comunitaria en wikis de conocimiento biológico mediante la cuantificación automatizada de la autoría". Bioinformática . 29 (14): 1837–9. doi :10.1093/bioinformatics/btt284. PMC 3702255 . PMID 23732274.
^ Zhang Z, Sang J, Ma L, Wu G, Wu H, Huang D, et al. (enero de 2014). "RiceWiki: una base de datos basada en wiki para la curación comunitaria de genes de arroz". Nucleic Acids Research . 42 (número de base de datos): D1222-8. doi :10.1093/nar/gkt926. PMC 3964990 . PMID 24136999.
^ "Os01g0883800 - RiceWiki". 20 de octubre de 2017. Archivado desde el original el 20 de octubre de 2017. Consultado el 6 de septiembre de 2020 .
^ Consorcio, CAZypedia (11 de octubre de 2017). "Diez años de CAZypedia: una enciclopedia viva de enzimas activas en carbohidratos". Glicobiología . 28 (1): 3–8. doi : 10.1093/GLYCOB/CWX089 . hdl : 21.11116/0000-0003-B7EB-6 . PMID 29040563.
^ ab Mons B, Ashburner M, Chichester C, van Mulligen E, Weeber M, den Dunnen J, et al. (28 de mayo de 2008). "Llamando a un millón de mentes para la anotación comunitaria en WikiProteins". Genome Biology . 9 (5): R89. doi : 10.1186/gb-2008-9-5-r89 . PMC 2441475 . PMID 18507872.
^ Giles J (febrero de 2007). "Bases de datos clave de biología en formato wiki". Nature . 445 (7129): 691. Bibcode :2007Natur.445..691G. doi : 10.1038/445691a . PMID 17301755. S2CID 4410783.
^ "WikiPathways - WikiPathways". www.wikipathways.org . Consultado el 14 de octubre de 2020 .
^ Wodak SJ, Mietchen D, Collings AM, Russell RB, Bourne PE (2012). "Páginas temáticas: PLOS Computational Biology se encuentra con Wikipedia". PLOS Computational Biology . 8 (3): e1002446. Bibcode :2012PLSCB...8E2446W. doi : 10.1371/journal.pcbi.1002446 . PMC 3315447 . PMID 22479174.
^ Página RD (marzo de 2011). "Vinculación de NCBI a Wikipedia: un enfoque basado en wiki". PLOS Currents . 3 : RRN1228. doi : 10.1371/currents.RRN1228 . PMC 3080707 . PMID 21516242.
^ Gardner PP, Daub J, Tate J, Moore BL, Osuch IH, Griffiths-Jones S, et al. (enero de 2011). "Rfam: Wikipedia, clanes y la publicación "decimal"". Nucleic Acids Research . 39 (número de la base de datos): D141-5. doi :10.1093/nar/gkq1129. PMC 3013711 . PMID 21062808.
^ Daub J, Gardner PP, Tate J, Ramsköld D, Manske M , Scott WG y col. (Diciembre de 2008). "El RNA WikiProject: anotación comunitaria de familias de RNA". ARN . 14 (12): 2462–4. doi :10.1261/rna.1200508. PMC 2590952 . PMID 18945806.
^ Burkhardt K, Schneider B, Ory J (octubre de 2006). "La perspectiva de un biocurador: anotación en el Banco de datos de proteínas del Research Collaboratory for Structural Bioinformatics". PLOS Computational Biology . 2 (10): e99. Bibcode :2006PLSCB...2...99B. doi : 10.1371/journal.pcbi.0020099 . PMC 1626146 . PMID 17069453.
^ Logan DW, Sandal M, Gardner PP, Manske M , Bateman A (septiembre de 2010). "Diez reglas simples para editar Wikipedia". PLOS Computational Biology . 6 (9): e1000941. Bibcode :2010PLSCB...6E0941L. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000941 . PMC 2947980 . PMID 20941386.
^ Butler D (2008). "Publicar en Wikipedia o perecer: la revista exigirá a los autores que publiquen en la enciclopedia libre en línea". Nature . doi :10.1038/news.2008.1312.
^ Huss JW, Lindenbaum P, Martone M, Roberts D, Pizarro A, Valafar F, et al. (enero de 2010). "The Gene Wiki: inteligencia comunitaria aplicada a la anotación de genes humanos". Nucleic Acids Research . 38 (número de la base de datos): D633-9. doi :10.1093/nar/gkp760. PMC 2808918 . PMID 19755503.
^ Alcock, Brian P.; Raphenya, Amogelang R.; Lau, Tammy TY; Tsang, Kara K.; Bouchard, Mégane; Edalatmand, Arman; Huynh, William; Nguyen, Anna-Lisa V.; Cheng, Annie A.; Liu, Sihan; Min, Sally Y. (1 de enero de 2020). "CARD 2020: vigilancia del resistoma antibiótico con la base de datos integral de resistencia a los antibióticos". Investigación de ácidos nucleicos . 48 (D1): D517–D525. doi :10.1093/NAR/GKZ935. PMC 7145624 . PMID 31665441.
^ Waagmeester A, Stupp G, Burgstaller-Muehlbacher S, Good BM, Griffith M, Griffith OL, et al. (marzo de 2020). Rodgers P, Mungall C (eds.). "Wikidata como un gráfico de conocimiento para las ciencias de la vida". eLife . 9 : e52614. doi : 10.7554/eLife.52614 . PMC 7077981 . PMID 32180547. S2CID 212739087.
^ Rutz, Adriano; Sorokina, María; Galgonek, Jakub; Mietchen, Daniel; Willighagen, Egon; Gaudry, Arnaud; Graham, James G; Esteban, Ralf; Página, Roderic; Vondrášek, Jiří; Steinbeck, Christoph; Pauli, Guido F; Wolfender, Jean-Luc; Bisson, Jonathan; Allard, Pierre-Marie (26 de mayo de 2022). "La iniciativa LOTUS para la gestión abierta del conocimiento en la investigación de productos naturales". eVida . 11 : e70780. doi : 10.7554/eLife.70780 . PMC 9135406 . PMID 35616633. S2CID 249064853.
^ Rutz, Adriano; Sorokina, María; Galgonek, Jakub; Mietchen, Daniel; Willighagen, Egon; Gaudry, Arnaud; Graham, James G.; Esteban, Ralf; Página, Roderic; Vondrášek, Jiří; Steinbeck, Christoph; Pauli, Guido F.; Wolfender, Jean-Luc; Bisson, Jonathan; Allard, Pierre-Marie (24 de diciembre de 2021). "La Iniciativa LOTUS para la investigación abierta de productos naturales: gestión del conocimiento a través de Wikidata". págs.2021.02.28.433265. bioRxiv 10.1101/2021.02.28.433265 .
^ Turki, Houcemeddine; Taieb, Mohamed Ali Hadj; Shafee, Thomas; Lubiana, Tiago; Jemielniak, Dariusz; Aouicha, Mohamed Ben; Gayo, José Emilio Labra; Youngstrom, Eric; Banato, Mossab; Das, Diptanshu; Mietchen, Daniel (18 de febrero de 2021). Haller, Armin (ed.). "Representación de información de COVID-19 en gráficos de conocimiento colaborativo: el caso de Wikidata" (PDF) .
^ Waagmeester, Andra; Willighagen, Egon L.; Su, Andrés I.; Kutmon, Martina; Gayo, José Emilio Labra; Fernández-Álvarez, Daniel; Novio, Quintín; Schaap, Peter J.; Verhagen, Lisa M.; Koehorst, Jasper J. (22 de enero de 2021). "Un protocolo para añadir conocimiento a Wikidata: alinear recursos sobre coronavirus humanos". Biología BMC . 19 (1): 12. doi : 10.1186/s12915-020-00940-y . ISSN 1741-7007. PMC 7820539 . PMID 33482803.
^ Burgstaller-Muehlbacher S, Waagmeester A, Mitraka E, Turner J, Putman T, Leong J, et al. (2016). "Wikidata como marco semántico para la iniciativa Gene Wiki". Base de datos . 2016 : baw015. doi : 10.1093/base de datos/baw015. PMC 4795929 . PMID 26989148.
^ Willighagen, Egon; Martens, Marvin; Yasunori; Lubiana, Tiago; Nunogit; Mietchen, Daniel; Addshore (9 de agosto de 2020), egonw/SARS-CoV-2-Queries: Edición 1, doi :10.5281/zenodo.3977414 , consultado el 14 de abril de 2021
^ Alexander Pfundner; Tobias Schönberg; John Horn; Richard D Boyce; Matthias Samwald (5 de mayo de 2015). "Utilización del sistema Wikidata para mejorar la calidad del contenido médico en Wikipedia en diversos idiomas: un estudio piloto". Revista de investigación médica en Internet . 17 (5): e110. doi : 10.2196/JMIR.4163 . ISSN 1438-8871. PMC 4468594 . PMID 25944105. Wikidata Q21503276.
^ Tsueng G, Nanis SM, Fouquier J, Good BM, Su AI (31 de diciembre de 2016). "Ciencia ciudadana para la extracción de literatura biomédica". Ciencia ciudadana . 1 (2): 14. doi : 10.5334/cstp.56 . PMC 6226017 . PMID 30416754.
^ Tsueng G, Nanis M, Fouquier JT, Mayers M, Good BM, Su AI (febrero de 2020). "Aplicación de la ciencia ciudadana a la extracción de relaciones entre genes, fármacos y enfermedades a partir de resúmenes biomédicos". Bioinformática . 36 (4): 1226–1233. doi :10.1093/bioinformatics/btz678. PMC 8104067 . PMID 31504205.
^ "Juega a Mark2Cure y ayuda a identificar términos clave en resúmenes de investigaciones biomédicas". Juegos de ciencia ciudadana . Consultado el 6 de septiembre de 2020 .
^ "Cochrane Crowd". crowd.cochrane.org . Consultado el 25 de septiembre de 2020 .
^ Gartlehner G, Affengruber L, Titscher V, Noel-Storr A, Dooley G, Ballarini N, König F (mayo de 2020). "La revisión de resúmenes por un solo revisor omitió el 13 por ciento de los estudios relevantes: un ensayo controlado aleatorio basado en la multitud". Journal of Clinical Epidemiology . 121 : 20–28. doi : 10.1016/j.jclinepi.2020.01.005 . PMID 31972274.
^ Griffith, Malachi; Spies, Nicholas C; Krysiak, Kilannin; McMichael, Joshua F; Coffman, Adam C; Danos, Arpad M; Ainscough, Benjamin J; Ramirez, Cody A; Rieke, Damian T; Kujan, Lynzey; Barnell, Erica K (31 de enero de 2017). "CIViC es una base de conocimiento comunitaria para la colaboración colectiva de expertos en la interpretación clínica de las variantes en el cáncer". Nature Genetics . 49 (2): 170–174. doi :10.1038/ng.3774. hdl :10230/46299. ISSN 1061-4036. PMC 5367263 . PMID 28138153.
^ "CIViC - Interpretación clínica de variantes en cáncer". civicdb.org . Consultado el 14 de abril de 2021 .
^ Hatos, András; Quaglia, Federica; Piovesan, Damiano; Tosatto, Silvio CE (21 de abril de 2021). "APICURON: una base de datos para acreditar y reconocer el trabajo de los biocuradores". Base de datos: The Journal of Biological Databases and Curation . 2021 : baab019. doi :10.1093/database/baab019. ISSN 1758-0463. PMC 8060004 . PMID 33882120.
^ Percha, Bethany; Altman, Russ B. (1 de agosto de 2018). "Una red global de relaciones biomédicas derivadas del texto". Bioinformática . 34 (15): 2614–2624. doi : 10.1093/bioinformatics/bty114 . ISSN 1367-4803. PMC 6061699 . PMID 29490008.
^ Hirschman L, Burns GA, Krallinger M, Arighi C, Cohen KB, Valencia A, et al. (2012). "Minería de texto para el flujo de trabajo de biocuración". Base de datos . 2012 : bas020. doi :10.1093/database/bas020. PMC 3328793 . PMID 22513129.
^ Ananiadou, Sophia; Kell, Douglas B.; Tsujii, Jun-ichi (diciembre de 2006). "Minería de textos y sus posibles aplicaciones en biología de sistemas". Tendencias en biotecnología . 24 (12): 571–579. doi :10.1016/j.tibtech.2006.10.002. ISSN 0167-7799. PMID 17045684.
^ Winnenburg, R.; Wachter, T.; Plake, C.; Doms, A.; Schroeder, M. (11 de julio de 2008). "Hechos a partir de texto: ¿puede la minería de texto ayudar a ampliar la curación manual de alta calidad de productos genéticos con ontologías?". Briefings in Bioinformatics . 9 (6): 466–478. doi : 10.1093/bib/bbn043 . ISSN 1467-5463. PMID 19060303.
^ Percha, Bethany; Altman, Russ (27 de febrero de 2018). "Una red global de relaciones biomédicas derivadas del texto". Bioinformática . 34 (15): 2614–2624. doi : 10.1093/BIOINFORMATICS/BTY114 . PMC 6061699 . PMID 29490008.
^ Robert Leaman; Chih-Hsuan Wei; Alexis Allot; Zhiyong Lu (1 de junio de 2020). "Diez consejos para un artículo listo para la minería de texto: cómo mejorar la capacidad de descubrimiento y la interpretabilidad automatizadas". PLOS Biology . 18 (6): e3000716. doi : 10.1371/JOURNAL.PBIO.3000716 . ISSN 1544-9173. PMC 7289435 . PMID 32479517. Wikidata Q96032351.
^ Wang, Lucy Lu; Lo, Kyle (7 de diciembre de 2020). "Enfoques de minería de texto para abordar la literatura en rápida expansión sobre COVID-19". Briefings in Bioinformatics . 22 (2): 781–799. doi : 10.1093/BIB/BBAA296 . PMC 7799291 . PMID 33279995.
^ Neumann M, King D, Beltagy I, Ammar W (2019). "ScispaCy: modelos rápidos y robustos para el procesamiento del lenguaje natural biomédico". Actas del 18.º taller y tarea compartida de BioNLP . Florencia, Italia: Association for Computational Linguistics: 319–327. arXiv : 1902.07669 . doi :10.18653/v1/W19-5034. S2CID 67788603.
^ Altman RB, Bergman CM, Blake J, Blaschke C, Cohen A, Gannon F, et al. (2008). "Minería de textos para biología: el camino a seguir: opiniones de científicos líderes". Genome Biology . 9 (Suppl 2): S7. doi : 10.1186/gb-2008-9-s2-s7 . PMC 2559991 . PMID 18834498.
^ Hanspers, Kristina; Riutta, Anders; Summer-Kutmon, Martina; Pico, Alexander R. (9 de noviembre de 2020). "Información sobre vías extraída de 25 años de cifras sobre vías". Genome Biology . 21 (1): 273. doi : 10.1186/S13059-020-02181-2 . PMC 7649569 . PMID 33168034.
^ ab Kuhn, Tobias; Royer, Loïc; Fuchs, Norbert E.; Schröder, Michael (1 de enero de 2006). "Mejora de la minería de texto con lenguaje natural controlado: un estudio de caso para interacciones de proteínas". Integración de datos en las ciencias de la vida . Apuntes de clase en informática. Vol. 4075. págs. 66–81. doi :10.1007/11799511_7. ISBN978-3-540-36593-8.
^ Singhal, Ayush; Leaman, Robert; Catlett, Natalie; Lemberger, Thomas; McEntyre, Johanna; Polson, Shawn; Xenarios, Ioannis; Arighi, Cecilia; Lu, Zhiyong (2016). "Necesidades apremiantes de la minería de textos biomédicos en la biocuración y más allá: oportunidades y desafíos". Base de datos . 2016 : baw161. doi : 10.1093/base de datos/baw161. ISSN 1758-0463. PMC 5199160 . PMID 28025348.
^ abc Hirschman L, Yeh A, Blaschke C, Valencia A (2005). "Descripción general de BioCreAtIvE: evaluación crítica de la extracción de información para biología". BMC Bioinformatics . 6 (Supl 1): S1. doi : 10.1186/1471-2105-6-s1-s1 . PMC 1869002 . PMID 15960821. S2CID 5119495.
